В соответствии с чрезвычайными условиями военного времени органы «СМЕРШ» наделялись широкими правами и полномочиями. Они осуществляли полный комплекс оперативно-разыскных мероприятий с использованием всех характерных для спецслужбы оперативных сил и средств. Военные контрразведчики могли осуществлять выемки, обыски и аресты военнослужащих и связанных с ними гражданских лиц, подозревавшихся в преступной деятельности.

Высокие деловые и личные качества Н. Г. Кравченко, а также ряд блестяще проведенных под его руководством в боевых условиях контрразведывательных операций послужили основанием для командирования его в Тегеран для обеспечения безопасности встречи лидеров трех великих держав — И. В. Сталина, Ф. Рузвельта и У. Черчилля.

Советское правительство приняло решение о вводе в Афганистан 40-й армии. Вместе с войсками в Афганистан вошли особые отделы КГБ СССР. Военной контрразведке была поставлена задача противодействия подрывной деятельности иностранных спецслужб против Вооруженных сил СССР с территории Афганистана и ограждения войск от диверсионных и террористических акций.