Контрразведчики вместе с воинскими подразделениями Северного флота принимали непосредственное участие в защите Советского Заполярья, обороняли полуострова Средний и Рыбачий, наступали в майской операции 1942 года. Вместе с частями и соединениями морской пехоты и кораблей Северного флота осенью 1944 года освобождали от фашизма Кольскую землю. Также чекисты участвовали в операциях на коммуникациях противника, охране караванов союзников, в операциях по эскортированию группы военных кораблей из Англии и Америки.

Вклад сотрудников контрразведки Северного флота в оборону Советского Заполярья и разгром немецко-фашистских войск был высоко оценен Правительством СССР. За годы войны орденами и медалями награждено 290 контрразведчиков-североморцев.