После окончания Второй мировой войны ядерная угроза непрерывно нарастала. Уже в конце 1945 года в США был разработан первый план ядерного нападения. В 1946 году — план «Клещи» с применением 50 атомных бомб по 20 городам СССР, в 1948 году — «Испепеляющий шар» (133 атомные бомбы по 70 городам), в 1950 году — «Моментальный удар» (300 атомных бомб по 200 городам).
Руководство СССР в феврале 1946 года предприняло решительные меры по созданию нового типа стратегического бомбардировщика, способного доставлять ядерное оружие к целям на территорию вероятного противника.
В условиях строжайшей секретности эта задача была выполнена, и уже к маю 1947 года самолет Ту‑4 был построен на заводе № 22 в Казани.
Первым полком, освоившим Ту‑4 в 1949 году, был 203-й гвардейский Орловский полк 45-й тбад в Барановичах. Под руководством командующего Дальней авиацией Главного маршала авиации А. Е. Голованова в войска были поставлены на боевое дежурство 847 самолетов Ту‑4.
18 октября 1951 года бомбардировщик Ту‑4А 402-го тбап, пилотируемый подполковником К. И. Уржунцевым, в рамках испытаний впервые применил атомную бомбу РДС‑3 мощностью 42 килотонны по учебным целям на Семипалатинском полигоне.
В 1947–1949 годах были сформированы отделы контрразведки МГБ СССР по воздушным армиям Дальней авиации в Смоленске, Виннице и Хабаровске.
Самоотверженный труд их сотрудников под руководством полковников М. Г. Загорульского, А. А. Вяземского, А. Н. Плевицкого обеспечил становление Дальней авиации Вооруженных Сил.
1 мая 1954 года над Красной площадью впервые пролетел бомбардировщик 103М, способный по дальности полета преодолевать Мировой океан. Недоступный ранее Американский континент перестал быть неуязвимым.
Сложная военно-политическая обстановка к концу 1950-х годов вызвала потребность в создании нового вида Вооруженных Сил — Ракетных войск стратегического назначения (РВСН).
На органы военной контрразведки была возложена задача оградить РВСН от разведывательно-подрывных акций противника, оказать содействие командованию в обеспечении сохранности государственной тайны и скорейшем освоении нового вооружения. В этих целях в августе 1960 года на базе 4 отдела 3 Управления КГБ при СМ СССР было образовано Специальное управление, начальником которого был назначен генерал-лейтенант Г. К. Цинёв (в последующем — генерал армии, первый заместитель председателя КГБ при СМ СССР). Управлению были подчинены подразделения военной контрразведки по сформированным объединениям, соединениям, научно-исследовательским, испытательным и образовательным учреждениям РВСН.
Длительное время общее руководство контрразведывательной работой в РВСН осуществлял первый заместитель начальника 3 Главного управления КГБ при СМ СССР генерал-лейтенант А. И. Матвеев.
С середины 1950-х годов военные контрразведчики совместно с командованием, представителями науки и промышленности, территориальными органами КГБ обеспечивали безопасность стратегических ракетных операций «Байкал» (1956 г.), «Береза» (1958 г.), «Роза» (1961 г.), «Тюльпан» (1962 г.), «Кедр» (1964 г.) и «Пальма» (1966 г.), в ходе которых были надежно защищены секретные сведения о проведении летно-конструкторских испытаний и боевых пусков межконтинентальных ракет.
Сотрудники военно-морской контрразведки надежно обеспечили безопасность флота в ходе перевооружения ВМФ на подводные ракетоносцы.
В 1955 году в СССР был успешно проведен первый в мире пуск баллистической ракеты с подводной лодки. Оперативное обеспечение этого уникального испытания осуществлял Особый отдел КГБ при СМ СССР по Северному флоту, которым руководил полковник П. А. Иванов.
В 1962 году в составе 1-й флотилии Северного флота была сформирована 31-я дивизия подводных лодок — первое в Советском Союзе соединение атомных подводных ракетоносцев. Безопасность обеспечивал особый отдел КГБ при СМ СССР по 1-й флотилии Северного флота (начальник — контр-адмирал А. Н. Нерушенко).
Координация контрразведывательного сопровождения создания морской составляющей СЯС осуществлялась 4 отделом (в последующем — 6 отделом) 3 Главного управления КГБ при СМ СССР. Возглавлял отдел в тот период полковник А. Е. Гнездилов, а затем контр-адмирал А. З. Шилин.
Флотские контрразведчики оперативно обеспечивали многомесячные боевые службы в Мировом океане, участие кораблей и подводных лодок в учениях, в том числе самых массовых в военно-морской истории маневрах «Океан‑70».