С даты образования первого структурного подразделения военной контрразведки по обслуживанию кораблей и частей Военно-морского флота, формируемой Флотилии Военно-морских Сил Севера – особого отделения при Мурманском окружном отделении ОГПУ, 16 сентября 1933 года, орган безопасности размещался в г. Полярном в одном из зданий на площади рядом с городской больницей. В первой половине марта 1942 года на город был совершён массированный налёт вражеской авиации. Прямым попаданием авиабомбы здание отдела было разрушено. После этого сотрудники некоторое время работали на своих квартирах и в щелях близлежащих сопок, одновременно своими силами из щитов и досок собирали небольшой домик, в котором впоследствии и размещался отдел.
С 1953 по 2022 год Управление ФСБ России по Северному флоту дислоцировалось на улице Сафонова города Североморска. В настоящее время военные контрразведчики переехали в новое современное здание, расположенное по адресу: г. Североморск, улица Вице-адмирала Падорина, дом 6.
УФСБ России по Северному флоту