В целях изучения опыта оперативной работы Особый отдел ГУГБ НКВД СССР 30 сентября 1940 г. подготовил специальный обзор. В нем рассматривалась специфика работы армейских чекистов в условиях войны: руководство в боевой обстановке подчиненными особорганами, место оперуполномоченного в бою, деятельность на территории, освобожденной от противника, использование оперативных сил и средств, борьба с дезертирством, первичная работа с военнопленными.
В ноябре и декабре 1940 г. этот же отдел подготовил и направил начальникам особых отделов НКВД округов, флотов, армии и Особого отдела Дальневосточного фронта директивы об оперативных мероприятиях по пресечению подрывной деятельности германской разведки и мерах по расследованию фактов утери и хищений секретных документов в войсках. В этих директивах были указаны объекты, привлекающие главное внимание спецслужб противника, раскрывались его ухищрения при ведении шпионских акций, использовании агентов и диверсантов. В январе 1941 г. в очередной ориентировке, напрямую доведенной до особистов корпусов, дивизий и бригад, отмечалось, что немецкая разведка активизировала разведывательную работу путем насаждения своей агентуры в гражданских учреждениях и организациях, непосредственно соприкасающихся с воинскими частями. Впоследствии, на Нюрнбергском процессе, бывший начальник отдела «Абвер-1» Ганс Пиккенброк подтвердил, что каждый выезжавший в СССР немец должен был собирать разведывательную информацию.
27 января 1941 г. было введено «Наставление по мобилизационной работе органов НКВД», которое предусматривало необходимые мероприятия для действий военной контрразведки в условиях общей, частичной, скрытой и открытой мобилизации. Объектами оперативного обслуживания органов госбезопасности стали недавно созданные наркоматы авиационной и танковой промышленности, боеприпасов и др.
Для советских спецслужб не составляло секрета, что немецкая разведка действовала в стране под легальным прикрытием (дипломатические и торговые представительства, комиссия по переселению граждан немецкой национальности в Германию и др.). В частности, содержание разговоров в атташатах германского посольства в Москве о планах нападения на нашу страну, оценки немецкими разведчиками боеспособности Красной Армии, ее мобилизационной готовности, а также потенциальных возможностей советской военной промышленности сразу становились известными контрразведчикам из НКГБ СССР. Так, в конце мая 1941 г. в одной из бесед военный атташе генерал Эрнст Кестринг следующим образом характеризовал политические настроения советских людей: «Здесь сейчас пришли новые времена, новые понятия. Люди делают ставку на разум масс. Люди здесь патриотичные в полном смысле этого слова».
С целью подготовки советских органов госбезопасности к действиям в условиях войны руководство страны провело очередную реформу НКВД СССР. Согласно постановлениям Политбюро ЦК ВКП(б) от 3 февраля и СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 8 февраля 1941 г., из единого ведомства были выделены все разведывательные, контрразведывательные и оперативно-технические подразделения ГУГБ, которые образовали Наркомат государственной безопасности (НКГБ) СССР. Территориальная, или «гражданская», контрразведка освобождалась от всех функций ведомства внутренних дел (охрана общественного порядка, госграницы, особо важных объектов промышленности, железных и шоссейных дорог, содержание мест заключения, проведение крупнейших хозяйственных работ, освоение районов северных областей, местная противовоздушная оборона, служба пожарной охраны, загсы и архивы). На местах были организованы республиканские, краевые, областные и районные аппараты системы НКГБ и НКВД СССР. Вся система органов внутренних дел и госбезопасности имела подчиненность по вертикали из центра.
Военная контрразведка была подчинена, соответственно, наркоматам обороны и Военно-Морского Флота в виде третьих управлений каждого ведомства. В НКВД СССР от бывшего ГУГБ остался лишь 3-й отдел, в задачу которого входило контрразведывательное обеспечение пограничных и внутренних войск НКВД, пожарной охраны и милиции.
На вновь созданные третьи управления НКО и НКВМФ возлагались задачи по предупреждению и пресечению шпионажа, диверсий, вредительства, антисоветских проявлений в армии и на флоте. Все назначения оперативного состава третьих подразделений обоих наркоматов, начиная с уполномоченного полка и соответствующей ему единицы флота, утверждались приказами по военному и военно-морскому ведомствам.
Третьи управления НКО и НКВМФ входили в наркоматы на правах главных управлений, на местах функционировали третьи отделы — отделения. Начиная с начальника отдела корпуса и выше, офицеры третьей службы приравнивались к высшему начальствующему составу, с начальника отдела корпуса до уполномоченного — к старшему начальствующему составу, помощники уполномоченных — к среднему начальствующему составу. Кадры новых сотрудников могли комплектоваться за счет офицеров армии и флота, а также по договоренности из сотрудников Наркомата госбезопасности.
Начальники третьих подразделений от военного округа (фронта) до полка имели двойное подчинение: по линии командования и по всей вертикали своего ведомства (аналогично и по системе НКВМФ). Для осуществления оперативно-технических мероприятий третьи подразделения использовали соответствующие службы органов НКГБ СССР.
В целях координации деятельности спецслужб в Москве был образован Центральный совет, в состав которого вошли руководители наркоматов госбезопасности и внутренних дел, начальники третьих управлений НКО и НКВМФ. Совместным приказом НКВД СССР и НКГБ СССР от 12 февраля уточнялось, что аналогичные советы следовало организовать и в военных округах.
Для завершения передачи всех дел из НКВД в НКГБ назначался месячный срок, а военные контрразведчики обязывались закончить процедуру передачи особых отделов и их дел в пятидневный срок. Начальником 3-го Управления НКО СССР был утвержден бывший начальник Особого отдела ГУГБ НКВД СССР майор госбезопасности Анатолий Николаевич Михеев, начальником 3-го Управления НКВМФ СССР — дивизионный комиссар Андрей Иванович Петров, начальником 3-го отдела НКВД — старший майор госбезопасности Александр Михайлович Белянов.
12 марта 1941 г. нарком обороны маршал С. К. Тимошенко утвердил Положение о 3-м Управлении (объявлено приказом 12 апреля), а нарком Военно-Морского Флота адмирал Н.Г. Кузнецов — по своему ведомству 25 апреля.
Армейские и флотские чекисты получили право вести оперативно-розыскную и следственную работу по делам о шпионаже, диверсии, измене Родине, вредительстве и антисоветских проявлениях, производить обыски, аресты и высылки. Объектами оперативного внимания военных контрразведчиков, помимо воинских частей и экипажей кораблей, были штабы, учреждения, научно-исследовательские центры, аппараты военпредов на оборонных заводах и другие структуры армии и флота. Следовало выявлять и пресекать все акции и проявления шпионажа, диверсий, вредительства в армии и на флоте, контролировать режим охраны аэродромов, кораблей, складов, ангаров, пищеблоков и других, уязвимых с точки зрения безопасности, объектов, информировать командование о нарушениях воинской дисциплины, о фактах дезертирства и нарушений по сохранению военной тайны.
Но, как показали дальнейшие события, реформа военной контрразведки тормозилась по причине отсутствия взаимодействия спецслужб. В этот процесс вмешались высшие инстанции. 19 апреля 1941 г. на недостатки «в единстве действий» было указано в Постановлении ЦК ВКП(б) и СНК СССР.
К делу координации оперативно-розыскной работы привлекли аппараты Наркомата госбезопасности, наделив их широкими правами. В штаты органов третьих управлений НКО и НКВМФ в центре, в отделы и отделения округов, армий, корпусов, дивизий, бригад, укрепленных районов, гарнизонов, военных академий, училищ, флотов, флотилий и военно-морских баз были введены должности заместителей начальников, которые непосредственно подчинялись соответствующим начальникам НКГБ — УНКГБ по территориальности с одновременным подчинением начальникам третьих подразделений армии и флота. Такое двойное подчинение обосновывалось интересами координации работы. Помимо постоянного информирования командования по вопросам, имеющим прямое отношение к работе военных и военно-морских ведомств, заместители от НКГБ получили право брать в свое производство оперативные и следственные дела, собирать данные обо всех произведенных арестах, в том числе и о результатах допросов арестованных, с немедленным уведомлением своего прямого начальства. Центральный и местные советы по координации работали под председательством представителей органов Наркомата госбезопасности СССР.
Совместный приказ трех ведомств, подписанный наркомами госбезопасности, обороны и Военно-Морского Флота 22 апреля, закреплял основные положения постановления СНК и уточнял, что должности заместителей начальников третьих подразделений содержатся за счет НКГБ, а их персональные утверждения, перемещения и увольнения осуществляются приказами этого же наркомата.
29 мая 1941 г. Центральный совет по координации агентурно-оперативной и следственной работы на своем заседании утвердил инструкцию, которая устанавливала порядок совместной деятельности. В частности, НКГБ СССР вменялось в обязанность в интересах взаимной оперативной информации, единства действий и соблюдения общих форм, методов и способов в оперативно-розыскной и следственной работе направлять в третьи подразделения НКВД, НКО и НКВМФ соответствующие нормативные документы, ориентировки о подрывной деятельности противника, а также имеющиеся пособия и программы по чекистской учебе. В то же время 3-й отдел НКВД СССР должен был направлять в НКГБ свои директивы и ориентировки.
Во исполнение решений по координации работы в 3-м Управлении НКО в апреле-мае 1941 г. были подготовлены директивы о совместных мероприятиях с НКГБ и НКВД по участию оперативных групп третьих отделов округов и армий в операциях по ликвидации диверсионных и повстанческих групп в западных областях СССР, по обслуживанию строистроительных батальонов Красной Армии, занятых на сооружении аэродромов, взлетно-посадочных полос и рулежных дорожек.
В целях ограждения армии от бактериологических диверсий 3-е Управление НКО СССР разработало план под названием «Войсковая юрта», согласно которому следовало обращать самое пристальное внимание на эпидемиологическую и санитарную обстановку в госпиталях, лазаретах, санитарно-эпидемиологических лабораториях, вакцинно-сывороточных базах, на складах медикаментов и продовольствия.
В ориентировках наркомата в эти месяцы речь главным образом шла об активизации подрывной деятельности иностранных разведок. В частности, отмечалось, что немецкая разведка около 70% заданий своей агентуре дает по Красной Армии, проявляет интерес к Московскому региону, например, к данным о дислокации воинских частей столичного гарнизона и расположении зенитных батарей.
Предметом интереса японской разведки, кроме обычных вопросов о дислокации, количестве и состоянии частей Красной Армии в Дальневосточном регионе, была информация об оптимальных сроках проведения всеобщей мобилизации в СССР.
К концу мая 1941 г. на основании анализа показаний разоблаченных агентов германской разведки советская военная контрразведка смогла сделать вывод о том, что противник проявляет повышенный интерес к объектам военного характера и, главным образом, к военно-воздушным силам, артиллерийским и танковым частям. Кроме того, было установлено, что спецслужбы Германии ставят задачи получить данные об органах безопасности. Например, даются задания по вопросам: что такое особый отдел и кому он подчинен, имеют ли между собой связь органы НКВД и особый отдел и подчиняется ли один другому, фамилии, национальность, адреса сотрудников и др.
В документах 3-го Управления НКО СССР отмечалось, что противник вербует немецкую агентуру в основном из местных жителей западных областей, а также из украинских националистов, военнопленных польских солдат и офицеров, русских белогвардейцев и эмигрантов, граждан Прибалтики и даже из евреев. До 10% немецкой агентуры, как отмечалось в ориентировках, составляли молодые красивые женщины, а средний возраст всех агентов вообще не превышал 30 лет.
На выявление устремлений немецкой разведки и ее подрывной работы ориентировались, прежде всего, третьи отделы Зап ВО, КОВО, Приб ВО и МВО, на действия финской — ЛВО, японской — ДВО, турецкой и иранской — Зак ВО. По мнению НКО СССР и Генштаба, нападение немцев могло начаться с провокационных действий.