В период Великой Отечественной войны центральный аппарат советской военной контрразведки в основном размещался в доме № 2 на площади Дзержинского (ныне Лубянской), занимая четвертый и седьмой этажи в здании НКВД СССР. Слухи о переменах в чекистском ведомстве вскоре подтвердились. И прежде всего новая реформа затронула работу контрразведки. В марте 1943 г. первый заместитель наркома внутренних дел В.Н. Меркулов собирает в Москве срочное совещание начальников особых отделов ряда фронтов и армий. (Начальник Управления особых отделов В.С. Абакумов на нем не присутствовал). Выступающим в пределах 20 минут предлагалось сделать краткие сообщения о результатах своей работы, о недостатках и мерах по улучшению деятельности военной контрразведки. Как представитель руководства наркомата В.Н. Меркулов констатировал, что «за период Великой Отечественной войны особые отделы работали много, добросовестно, в общем, неплохо выполняя свой долг перед Родиной». Он также проинформировал собравшихся о том, что «Центральный Комитет партии и товарищ Сталин требуют, чтобы особые отделы, эти боевые органы военной контрразведки, особенно в период Великой Отечественной войны, работали еще лучше, таким образом, чтобы ни один шпион, диверсант или террорист не мог ускользнуть от зорких глаз особистов».
На совещании первым выступил начальник ОО Юго-Западного фронта П.В. Зеленин. Он поставил вопрос о необходимости более тщательного изучения особыми отделами военных округов личного состава воинских соединений в период их формирования в тылу и в пути следования к линии фронта. Зеленин специально остановился на практике зафронтовой работы: отработке легенд при направлении разведчиков и агентов в тыл противника, их тщательной экипировке, на внимательном изучении района выброски. В дальнейшем эти вопросы поднимались практически во всех сообщениях. Оживленную дискуссию вызвало выступление заместителя начальника Управления особых отделов НКВД СССР начальника ОО НКВД Центрального фронта Л.Ф. Цанавы, который внес предложение о реорганизации аппаратов особых отделов, работавших по объектовому принципу, с тем чтобы они перешли на линейный принцип деятельности контрразведки: борьба со шпионажем, диверсиями, террором, предательством и изменой Родине; пресечение антисоветских проявлений в частях Красной Армии и, наконец, борьба с дезертирством и членовредительством. Одновременно он призвал собравшихся «отказаться от контрольных цифр» и смелее практиковать «перевербовку заброшенных агентов, в первую очередь из тех, кто явился с повинной».
Начальник ОО НКВД Калининского фронта Н.Г. Ханников говорил о необходимости обслуживания особыми отделами партизанских отрядов и устранения двойного подчинения работников особых отделов, а начальник ОО Северокавказского фронта М.И. Белкин — о создании маневренных оперативно-чекистских групп в боевых порядках наступающих войск, задача которых — захват агентуры и документов противника, арест пособников оккупационного режима. В выступлении начальника ОО Северо-Западного фронта И.Я. Бабича прозвучало предложение о более четком взаимодействии военных контрразведчиков с территориальной контрразведкой. В этих целях, по его мнению, сотрудники 2-го Управления НКВД СССР могли быть прикомандированы к аппаратам особых отделов. Большинство участников совещания говорили о необходимости решения кадровых проблем, в частности, путем создания курсов переподготовки и на правления в особые отделы наиболее опытных чекистов. По окончании совещания все предложения выступавших были обобщены в аппарате первого заместителя наркома внутренних дел.
31 марта 1943 г. Верховный принял руководителей НКВД СССР — Л.П. Берия, В.Н. Меркулова и В.С. Абакумова. К 1 апреля В.Н. Меркулов готовит проект постановления об образовании Наркомата госбезопасности и схему структуры ведомства с объяснительной запиской, которые за подписью Берия за № 334/Б от 2 апреля т.г. направляются на имя И.В. Сталина. Согласно этому документу, все оперативно-чекистские управления и отделы выделялись из НКВД СССР и на их базе образовывался самостоятельный Наркомат госбезопасности.
По замыслу авторов проекта, Управление особых отделов, как входящее в состав нового ведомства, должно было функционировать в качестве одного из управлений контрразведки НКГБ, под названием «Смеринш». Эта аббревиатура расшифровывалась как «Смерть иностранным шпионам!». Задачи и направления оперативной деятельности данного подразделения ничем не отличались от функций предшественника. Согласно проекту, в связи с реформой силовых ведомств Л.П. Берия и В.Н. Меркулов должны были представить свои предложения о назначениях руководящего состава по НКВД СССР и НКГБ СССР.
Как видно из документов, проект не прошел. Поэтому к 4 апреля В.Н. Меркулов подготовил новый его вариант (за № 340/Б), с объяснительной запиской, направленный на утверждение в ГКО И.В. Сталину. В этом варианте проекта определенные ранее задачи и наименование нового управления военной контрразведки не изменялись. Дополнительно предлагалось в управлении «Смеринш» усилить технические отделы и создать новые подразделения с функциями по работе в тылу противника. По-видимому, последнее обстоятельство с учетом наличия отдельного зафронтового управления в составе НКГБ не позволило Верховному Главнокомандующему согласиться с очередными предложениями руководства НКВД СССР.
Никаких сведений о дискуссии по поводу реформы органов безопасно сти не сохранилось, но очевидно, что И.В. Сталин не допустил проволочек и принял решение вернуться к реформе по той же схеме, которая была проведена в жизнь накануне войны.
Это решение выглядело логичным, так как военная обстановка и оперативная ситуация в 1943 г. диктовали необходимость объединения усилий руководства обороной государства и обеспечением безопасности в армии и на флоте. Нужны были перемены и в самих структурах огромного аппарата НКВД СССР, обеспечивавшего охрану тыла фронта и коммуникаций, курировавшего стратегические стройки, места заключения и располагавшего для этого специальными войсками разного назначения. 13 апреля у И.В. Сталина проходит новое совещание с руководством НКВД СССР в том же составе, а через день нарком обороны приглашает своего будущего заместителя по главку военной контрразведки.
Наконец, два руководителя НКВД СССР, В.Н. Меркулов и В.С. Абакумов, представили в ГКО на имя И.В. Сталина для утверждения проекты Постановления ЦК ВКП(б) и СНК СССР об организации Главного управления контрразведки «Смерш» Наркомата обороны, Управления контрразведки «Смерш» Наркомата Военно-Морского Флота и Отдела контрразведки «Смерш» Наркомата внутренних дел СССР, а также Положения о ГУКР «Смерш» НКО СССР и его органах на местах. Причем «Смерш» в первом из названных проектов расшифровывался как «Смерть шпионам!».
Относительно нового названия органов военной контрразведки ветеран особых отделов Сергей Захарович Остряков в книге «Военные чекисты», опубликованной в 1979 г., рассказал следующее: «Руководители фронтовых особых отделов вспоминают, что на совещании у Сталина, где обсуждался проект решения о передаче армейских чекистских органов в систему НКО, встал вопрос и об их наименовании. Предложения были разные. Большинство склонялось к тому, чтобы это наименование сделать максимально кратким и составить его из начальных букв широко известного тогда лозунга «Смерть немецким шпионам!». Получилось что-то вроде «Смернеш». В заключение Сталин заметил:
— А почему, собственно говоря, речь должна идти только о немецких шпионах? Разве другие разведки не работают против нашей армии? Давайте назовем «Смерть шпионам», а сокращенно «Смерш»...
«Смерть шпионам!» — так начиналось подписанное Лениным и Дзержинским в мае 1919 г. обращение ко всем трудящимся советской страны, призывавшее в те грозные годы к максимальной бдительности в борьбе с врагами социалистического государства. И было что-то символичное в том, что почти четверть века спустя и тоже в грозную военную годину эти же слова закладывались в название органов, призванных обеспечивать государственную безопасность в советских войсках, ведущих смертный бой с захватчиками.
Наименование «Смерш» подчеркивало, что во главу всех задач военной контрразведки ставится бескомпромиссная борьба с подрывной деятельностью иностранных разведслужб против сражающейся Красной Армии».
По мнению авторов, этот рассказ с большой долей вероятности соответствует действительности. «Смерш» и другие варианты названия военной контрразведки, видимо, действительно взяты из воззвания периода Гражданской войны «Берегитесь шпионов!», которое начиналось с призыва «Смерть шпионам!». Эта идея скорее всего родилась в недрах ведомства и была одобрена И.В. Сталиным. 18 и 19 апреля он принимает Берия, Меркулова и Абакумова, и вопрос о создании нового органа военной контрразведки был окончательно согласован.
19 апреля 1943 г. проект постановления СНК (третий вариант), отработанный в НКВД и согласованный с Верховным, был подписан уже без исправлений, за исключением того, что И.В. Сталин утвердил его как глава правительства, а не председатель ГКО.
Согласно постановлению Совнаркома за № 415-138 сс, из ведения НКВД СССР были изъяты Управление особых отделов, в том числе и Морской отдел данного подразделения, на базе которых образовывались Главное управление контрразведки «Смерш» НКО и Управление контрразведки «Смерш» НКВМФ. Одновременно в системе НКВД СССР на базе 6-го отдела УОО был организован Отдел контрразведки «Смерш» НКВД СССР, который обе