После победы советских войск под Москвой, а затем и под Сталинградом обстановка на советско-германском фронте стабилизировалась. В этих условиях возросла активность особых отделов НКВД СССР в борьбе со специальными службами противника. Постепенно складывалась система сбора оперативных данных о немецких разведорганах, их структуре, дислокации и личном составе, о методах их подрывной и шпионской работы, об экипировке и маскировке. В системе НКВД СССР готовились ориентировки, позволявшие армейским чекистам и территориальным органам контрразведки более четко и адресно организовывать оперативные мероприятия по предупреждению, выявлению и пресечению подрывных действий немецкой разведки на фронте, в прифронтовой полосе и в тылу Красной Армии.
Стала налаживаться и зафронтовая работа особистов. Если в начальный период войны она была нацелена исключительно на решение разведывательных задач и совершение акций в ближайшем тылу противника, то теперь фронтовые контрразведчики ставили своей целью проникновение в немецкие спецорганы. Эту задачу выполняли кадровые сотрудники особых отделов, военнослужащие Красной Армии, граждане-патриоты, бежавшие из оккупированных районов, а также перевербованные, но тщательно проверенные агенты противника. Удачно проведенные зафронтовые мероприятия позволяли советской контрразведке иметь своих людей в спецорганах и школах Абвера и с помощью этих источников устанавливать состав немецких шпионско-диверсионных групп, время, районы и способы их переброски в советский тыл, а затем и захватывать агентов противника.
К середине лета 1942 г. НКВД СССР было учтено 36 школ германской военной разведки, функционировавших на временно оккупированной немецко-фашистскими захватчиками территории, и получены данные на 1500 разведчиков и диверсантов из числа военнопленных.
Советская контрразведка стала наносить все более ощутимые удары по противнику. Особисты и территориальные контрразведчики быстро разобрались в тактике немецко-фашистской разведки, уповавшей на победу своих войск путем блицкрига. Относительно быстрый захват советских территорий, большое количество трофеев и военнопленных оказали плохую услугу германским спецслужбам. Немецкие асы разведки полагали, что если из 10 завербованных наспех агентов хотя бы один выполнит задание, то это все равно будет успех, так как их армия вот-вот возьмет Москву, Ленинград и Сталинград, выйдет к Уралу и захватит Кавказ. Такая практика немецкой разведки, рассчитанная на заброску большого числа агентов для выполнения заданий узкого назначения, на жаргоне советских особистов с иронией называлась «настройкой машины на крупный помол».
Массовая заброска в наш тыл практически необученной и непроверенной агентуры не достигла цели. Многие из советских граждан, давших согласие выполнять задания немцев, являлись с повинной или же не проявляли никакой активности.
Грамотное сочетание оперативных и гласных мер предупреждения и пресечения подрывной деятельности противника позволило успешно выявлять заброшенную агентуру.
По данным НКВД СССР на 8 августа 1942 г., направленным в ГКО СССР и ЦК ВКП(б), органами госбезопасности с начала войны было арестовано 11 тыс. 765 агентов противника.
Оперативное искусство предшествующих поколений отечественной контрразведки в условиях войны стало востребованным. Так, захваченные агенты немецкой разведки, экипированные специальными радиостанциями для связи с центром, перевербовывались спецслужбами СССР для поединка с теми, кто их послал в тыл Красной Армии. Началась эпоха радиоигр с противником, которую советские контрразведчики успешно вели до конца войны. Из 74 захваченных органами НКВД к началу августа 1942 г. германских агентурных радиостанций 31 радиостанция использовалась для дезинформации. В операции, как правило, включались немецкие агенты, сдавшиеся в плен добровольно. Из 222 заброшенных агентов-парашютистов только в марте 1942 г. добровольно явились в НКВД или другие советские органы 76 человек.
Помимо обеспечения контрразведывательных интересов, когда задержание и использование немецкой агентуры требовало строгой конспирации, поимку вражеских агентов-парашютистов использовали и в пропагандистских целях. Если в захвате агентов-парашютистов участвовало население (особенно в составе истребительных батальонов), то имели место публичные расправы с диверсантами. Из 88 агентов-парашютистов, приговоренных к расстрелу, 33 были расстреляны на месте приземления в присутствии местных жителей, непосредственно участвовавших в их розыске и задержании. Как отмечалось, население на эти акции реагировало положительно.
Другой важной особенностью оперативно-розыскной деятельности советской контрразведки стал поиск оптимальных организационных мер, которые позволяли бы ей с максимальной эффективностью вести борьбу с противником.
Действовавший в Красной Армии в 1941-1942 гг. институт военных комиссаров, выполнивший свою роль не только в военном и политическом руководстве войсками, но и в поддержке усилий военной контрразведки по мобилизации личного состава на решительное сопротивление врагу, был упразднен. 9 октября 1942 г. Указом Президиума Верховного Совета СССР устанавливалось полное единоначалие в Красной Армии. На его основании 13 октября ГКО принял постановление о подчинении уполномоченного особого отдела полка и начальника особого отдела соединения соответствующим командирам с одновременным их подчинением по линии органов НКВД.
В тот же день Л. П. Берия подписал докладную записку на имя И.В. Сталина и В.М. Молотова, в которой отмечал, что опубликованные в печати решения высших органов власти СССР об установлении полного единоначалия вызвали широкий положительный отклик «в среде командно-начальствующего и политического состава Красной Армии». На 18 страницах объемного документа приводились высказывания, в основном одобрявшие такие меры руководства страны. Как видно из текста записки, командиры, начальники, комиссары и политработники армии считали, что «упразднение института комиссаров значительно улучшит управление войсками, создаст большую уверенность и свободу в действиях командиров и даст армии большой отряд новых командных кадров». Об Указе Президиума Верховного Совета и постановлении ГКО высказался начальник разведотдела Северо-Западного фронта полковник Кашников: «Указ направлен на усиление Красной Армии. Это одно из звеньев общей цепи мероприятий, вытекающих из последнего приказа НКО об изменении тактики наступления и обороны».
Введение единоначалия и максимальное приближение задач военной контрразведки к нуждам фронта стали первым шагом в перестройке работы армейских чекистов.
Как показали события, имелись две точки зрения на роль военной контрразведки в системе обеспечения государственной безопасности. Накануне войны победило мнение о подчинении военной контрразведки командованию армии и флота. Сторонники такой реорганизации полагали, что особисты, являясь составной частью армии, в большей степени проникнутся заботами и задачами армейской среды, врастут в нее, лучше узнают бойцов и командиров и сообща, в тесном контакте с командованием, будут решать поставленные задачи. На проведение реформы 1941 г. повлиял опыт Гражданской войны, когда особые отделы имели достаточную самостоятельность и функционировали в состоянии двойного подчинения — ВЧК и РВС республики.
Сторонники иной точки зрения считали, что при условии подчинения армейскому командованию военная контрразведка искусственно отторгается от привычной чекистской среды, лишается возможности независимого объективного контроля за действиями военных. В этом случае также затруднено принятие неотложных мер, ибо особистам требуется определенное время на согласование своих действий с гражданской контрразведкой, с другими подразделениями НКВД и НКГБ и их территориальными органами. Они также обращали внимание на то, что военное командование иногда допускало некомпетентное административное вмешательство в деятельность контрразведки, отвлекало контрразведчиков на решение не свойственных им задач и проблем внутриармейской жизни. Эти недостатки особенно проявлялись в периоды отступления частей и соединений Красной Армии на советско-германском фронте.