17 июля 1941 г. И. В. Сталин подписал Постановление Государственного Комитета Обороны СССР «О преобразовании органов 3-го Управления НКО СССР в особые отделы НКВД». Начальником образованного Управления особых отделов был назначен заместитель наркома внутренних дел СССР комиссар госбезопасности 3-го ранга Виктор Семенович Абакумов.

А. Н. Михеев приказал создать несколько десятков оперативных групп для оказания помощи командованию фронта в наведении порядка в полосе боевых действий. По его указанию оперативники формировали из отступавших бойцов и командиров подразделения по 40–60 человек, зачастую сами возглавляли их и направляли на передовую. Принятыми мерами удалось преодолеть панику и растерянность.

С первых дней Великой Отечественной войны Марина Михайловна стала настойчиво просить командование отправить ее на фронт. После обращения лично к И. В. Сталину ходатайство было удовлетворено и ей было поручено формировать женские авиационные части.