Основной задачей подразделений «Смерш» являлась защита частей Красной Армии и Флота от спецслужб противника.
Помимо этого, «Смерш» решал задачи по созданию условий, исключающих возможность проникновения агентуры и диверсантов противника через линию фронта в тыл советских войск, выявлению и пресечению фактов предательства и дезертирства со стороны советских военнослужащих и гражданских лиц, проверке всех военнослужащих, побывавших в плену (вышедших из окружения), а также осуществлял выполнение специальных заданий Народного комиссара обороны.
Начальник ГУКР «Смерш» В.С. Абакумов подчинялся непосредственно наркому обороны И.В. Сталину. Структура «Смерш» строилась строго вертикально, каждое подразделение подчинялось только своим вышестоящим контрразведывательным органам.
Всего за годы войны военной контрразведкой обезврежено более 30 тысяч шпионов, около 3,5 тысяч диверсантов и свыше 6 тысяч террористов.
Армейские чекисты, профессионально почувствовавшие новые оперативные возможности, стали увереннее проводить острые контрразведывательные операции с использованием агентуры из числа тех, кто добровольно являлся с повинной, не желая выполнять задания германской разведки.
Советским специальным службам и прежде всего органам военной контрразведки Действующей армии пришлось столкнуться с отмобилизованным, хорошо подготовленным противником.
В целом за период войны на Восточном фронте действовало более 130 разведывательных, диверсионных и контрразведывательных команд СД и Абвера, функционировало около 60 школ, готовивших агентуру для заброски в тыл Красной Армии.