По окончании боевых действий в плену в Советском Союзе оказались крупные государственные деятели, чиновники, дипломаты, генералы и офицеры, в том числе представители спецслужб государств, прежде воевавших с СССР. В ГУКР «Смерш» НКО СССР работой среди военнопленных, представляющих интерес для контрразведчиков, занимался 2-й отдел, который возглавлял полковник С.Н. Карташов. В нем проходили службу оперативники со знанием иностранных языков, знакомые с фильтрационной работой в Действующей армии. Информация, которую теперь стало возможным получить от пленных, была важной не только с оперативной, но и с политической точки зрения.
В числе тех, кто давал показания контрразведчикам, были: диктатор Румынии маршал Йон Антонеску, премьер-министр Венгрии Иштван Бетлен, представитель германского флота при ставке Гитлера вице-адмирал Ганс-Эрих Фосс, начальник «Абвера-3» генерал-лейтенант Франц Бентивеньи, полицай-президент города Берлина генерал-лейтенант Курт Герум, командующий восточным участком германского побережья Балтийского моря контр-адмирал Эрнст Крафт, командующий Армией Крайовой польский генерал Леопольд Окулицкий, секретарь шведской миссии в Венгрии, член влиятельной банкирской семьи Рауль Валленберг и др.
Военные контрразведчики из отдела С.Н. Карташова активно участвовали в разработке наиболее важных архивных материалов, которые удалось захватить в ходе войны в ставках Гитлера и его последнем убежище в Берлине. Эти материалы, а также показания конкретных лиц были использованы при подготовке судебных процессов над нацистскими и японскими военными преступниками, изменником генералом Власовым, атаманом Семеновым и другими крупными фигурами из числа белоэмигрантов и коллаборационистов.
Окончание Второй мировой войны изменило политическую обстановку в мире. В число мировых лидеров вышли США, а объективные условия мирного развития сложились так, что бывшие союзники превратились в главных политических противников Советского Союза. Но борьба с разведками США, Англии и их союзников сначала не выходила на первый план, так как советским органам безопасности и внутренних дел предстояло завершить решение задач, порожденных войной.
На территории нашей страны еще скрывалось значительное число немецких агентов, бывших сотрудников карательных и административных органов фашистской Германии и Японии, изменников, предателей и других лиц, подлежавших розыску и аресту, а также тщательной проверке по обвинениям в сотрудничестве с немецкими оккупантами и японскими захватчиками.
Значительную опасность представляла деятельность антисоветских националистических элементов на территориях Украины, Белоруссии и Прибалтийских республик. Националистическое подполье получало поддержку западных стран и их спецслужб.
По объективным причинам мирного времени в органах военной контрразведки «Смерш», в наркоматах госбезопасности и внутренних дел назревала новая реформа. С марта 1946 г. все наркоматы были переименованы в министерства. Было создано Министерство государственной безопасности (МГБ) СССР, в состав которого вошли все структуры бывшего НКГБ СССР, а органы военной контрразведки «Смерш» НКО и НКВМФ СССР были преобразованы в 3-е Главное управление нового министерства с задачами контрразведывательного обеспечения армии и флота. Министром госбезопасности был утвержден генерал-полковник В.С. Абакумов, начальником военной контрразведки — Н.Н. Селивановский.
По случаю возвращения в систему госбезопасности заместитель начальника ГУКР «Смерш» генерал-лейтенант И.Я. Бабич собрал личный состав управления в актовом зале дома № 2. «Мест не хватало, — вспоминает генерал-майор в отставке Б.В. Гераскин, — и многие сотрудники стояли возле стен и в проходах... Бабич доложил, что военная контрразведка в ходе войны нанесла решительное поражение немецко-фашистским специальным службам. Тем самым армейские чекисты оказали большую помощь победоносной Красной Армии в разгроме гитлеровских войск».
Главное управление контрразведки «Смерш» НКО СССР юридически просуществовало около трех лет. С точки зрения истории срок крайне малый. Но эти три года были наполнены тяжелой самоотверженной работой по обеспечению безопасности тылов Действующей армии, по розыску диверсантов и шпионов. В годы Великой Отечественной войны сотрудники «Смерш» вписали одну из самых славных страниц в историю советской военной контрразведки.