Основной задачей подразделений «Смерш» являлась защита частей Красной Армии и Флота от спецслужб противника.
Помимо этого, «Смерш» решал задачи по созданию условий, исключающих возможность проникновения агентуры и диверсантов противника через линию фронта в тыл советских войск, выявлению и пресечению фактов предательства и дезертирства со стороны советских военнослужащих и гражданских лиц, проверке всех военнослужащих, побывавших в плену (вышедших из окружения), а также осуществлял выполнение специальных заданий Народного комиссара обороны.
Начальник ГУКР «Смерш» В.С. Абакумов подчинялся непосредственно наркому обороны И.В. Сталину. Структура «Смерш» строилась строго вертикально, каждое подразделение подчинялось только своим вышестоящим контрразведывательным органам.
Всего за годы войны военной контрразведкой обезврежено более 30 тысяч шпионов, около 3,5 тысяч диверсантов и свыше 6 тысяч террористов.
Одной из самых удачных и результативных зафронтовых операций советской военной контрразведки первого года войны можно считать внедрение в Смоленскую диверсионную школу, подчиненную абверкоманде-203, агента «Михайлова» (А.С. Соболева).
Советская контрразведка начала «войну в эфире» с германскими спецслужбами в 1942 г. Главной целью радиоигр стало оказание реальной помощи Красной Армии на полях сражений, что достигалось путем систематической передачи врагу военной дезинформации (радиоигры «Двина», «Узел», «Знакомые», «Развод», «Бурса», «Явка», «Танкист» и др.).