В 3 часа 30 минут 22 июня германские войска начали военные действия на границе с СССР, а в 5 часов 30 минут посол Германии Ф. Шуленбург вручил в НКИД СССР ноту советскому правительству, в которой агрессия была названа контрмерой против массированной концентрации и подготовки всех вооруженных сил Красной Армии на границе. О том, что немецкое руководство явно лукавило, говорит хотя бы тот факт, что к моменту вторжения до 190 дивизий, сформированных гитлеровской Германией и ее союзниками, полностью закончили оперативное развертывание главных войсковых группировок для наступления, а большинство советских частей и соединений только подтягивались из глубины страны к границе. Застигнутые врасплох в первые же часы войны, лишившиеся почти всей авиации, советские войска вынуждены были отступать. Многие бойцы и командиры Красной Армии вели себя геройски. Однако имели место факты, когда страх окружения охватывал целые части, в которых наблюдались дезертирство, членовредительство, паникерство, а порой и самоубийства.
В первые недели войны военные контрразведчики оказались заложниками обстоятельств, связанных с незавершенной к этому моменту реорганизацией своей службы. Как отмечалось, положение об органах 3-го Управления в армии и на флоте было утверждено только в марте-апреле, а решение о координации оперативно-следственной работы с «гражданской» контрразведкой и органами внутренних дел - в конце мая 1941 г. В условиях реорганизации налаживание контрразведывательной работы в боевой обстановке тормозилось, подготовка третьих отделов к войне носила общий характер и касалась преимущественно мобилизационных вопросов, не хватило времени для изучения опыта деятельности особых отделов в период советско-финляндской войны. Кроме того, пополнившие ряды военных контрразведчиков молодые оперативники из территориальных органов НКВД и НКГБ, военнослужащие с командных и политических должностей армии и флота не имели достаточной специальной подготовки, не владели информацией о методах и тактике подрывной деятельности вероятного противника, тем более в обстановке военного времени.