Факты свидетельствуют, что на фронтах Великой Отечественной войны личный состав органов НКВД, особенно армейские чекисты, несли значительные потери. В справке о потерях сотрудников военной контрразведки, составленной на основании данных, поступивших с фронтов по состоянию на 1 марта 1944 г., значились: убитыми — 3725 человек, пропавшими без вести — 3092 человека, ранеными и выбывшими в госпитали — 3520 человек. При этом 609 армейских чекистов возвратились из плена или вышли из окружения противника.
Отдавая должное памяти тех, кто погиб при защите Отечества и проявил свои самые лучшие качества на фронтах войны, руководство военной контрразведки подготовило проект указа о награждении оперативного состава к ноябрьским праздникам. 27 октября 1943 г. В.С. Абакумов подписал записку в Государственный Комитет Обороны на имя И.В. Сталина. Он отмечал, что за время Отечественной войны армейские и флотские чекисты «не награждались Правительством, за исключением некоторых из них». (Речь шла о тех, кто представлялся к наградам военным командованием).
В ноябре 1943 г. Указом Президиума Верховного Совета СССР были награждены 1656 оперативных сотрудников военной контрразведки: орденом Ленина 8 человек, Красного Знамени — 52, Отечественной войны 1-й степени — 72, Отечественной войны 2-й степени — 350, Красной Звезды — 601, Знаком Почета — 135, медалями «За отвагу» — 312, «За трудовую доблесть» — 114, «За трудовое отличие» — 12.
Четверо военных контрразведчиков в годы Великой Отечественной войны были удостоены высшей награды — звания Героя Советского Союза.
В ходе наступления советских войск при освобождении Киева в ноябре 1943 г. оперуполномоченный отдела контрразведки «Смерш» 72-й механизированной бригады 3-й танковой армии 1-го Украинского фронта старший лейтенант Петр Анфимович Жидков проявил мужество и отвагу в рукопашном бою на подступах к поселку Хотов. Когда немцы отчаянно пытались контратаковать и отсечь от танков мотострелковые части, произошло некоторое замешательство красноармейцев. Военный контрразведчик, увлекая воинов своими решительными действиями, умело поразил несколько фашистов, и их прорыв захлебнулся. В этом бою офицер-чекист погиб. По ходатайству командования Указом Президиума Верховного Совета СССР от 10 января 1944 г. Петр Анфимович Жидков посмертно удостоен звания Героя Советского Союза.
Снайпера-орденоносца Василия Михайловича Чеботарева знали многие бойцы Волховского фронта по его фотографии, помещенной во фронтовой газете. В январе 1943 г., во время операции по прорыву блокады Ленинграда, боец был ранен и направлен в тыл, а затем по выздоровлении — на курсы переподготовки политсостава Красной Армии. В июле 1943 г. его вызвали в штаб Уральского военного округа, в отдел контрразведки «Смерш», и объявили, что решением командования его направляют на учебу в специальную школу в Москву.
В декабре 1943 г. в звании лейтенанта В.М. Чеботарев убывает на фронт в качестве оперуполномоченного ОКР «Смерш» 19-й гвардейской танковой бригады 5-й гвардейской танковой армии под командованием легендарного генерала П.А. Ротмистрова. В ходе наступления на Минск в июне 1944 г. Чеботарев в составе боевой группы участвует в операции по неожиданному, с тыла, захвату переправы через реку Бобр. Задача группой была выполнена, что позволило обеспечить дальнейшее продвижение советских войск к городу Борисов, имевшему важное стратегическое значение для освобождения столицы Белоруссии. В бою за переправу оперуполномоченный «Смерш» лейтенант Чеботарев погиб. Из донесения начальника ОКР «Смерш» 19-й танковой бригады известно, что военный контрразведчик, выполняя задачу, вступил в рукопашную схватку, когда группа вела бой с окружившим ее противником. Начальник отдела, обнаруживший тело Чеботарева, докладывал, что вокруг него лежало больше десятка трупов фашистских солдат и офицеров. В донесении сказано: «Чеботарев мною похоронен на правой стороне шоссе Орша—Борисов, на расстоянии 200 метров от Бобринского моста».
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 29 июня 1945 г. лейтенанта Чеботарева посмертно наградили Звездой Героя Советского Союза. Представление к награде подписали командующий войсками 3-го Белорусского фронта И.Д. Черняховский и командующий 5-й гвардейской танковой армией П.А. Ротмистров. На месте гибели героя у поселка Бобр Минской области установлен памятник, а школа в родном селе названа его именем.
За два месяца до своего 23-летия и за четыре месяца до окончания войны погиб оперуполномоченный ОКР «Смерш» 69-й армии лейтенант Григорий Михайлович Кравцов. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 6 апреля 1945 г. ему было посмертно присвоено звание Героя Советского Союза. Но еще в ноябре 1944 г. отважный контрразведчик получил за смелую и удачно проведенную операцию орден Отечественной войны II степени. Группа под командованием Кравцова уничтожила восьмерых фашистских солдат и двоих взяла в плен, один из которых, унтер-офицер вермахта дал важные сведения о перегруппировке сил противника.
О последнем, самом трудном для героя бое 1945-го свидетельствуют скупые строки донесения: «При прорыве глубоко эшелонированной линии обороны немцев на западном берегу реки Висла Кравцов, находясь в боевых порядках, после выхода из строя командира роты принял на себя командование подразделением и, восстановив порядок, повел роту в бой. В ходе боя Кравцов был дважды ранен, но продолжал оставаться в строю, своим примером вдохновлял личный состав на подвиг. В этом бою прямым попаданием вражеского снаряда он был убит. Рота выполнила поставленную командованием задачу».