После окончания Второй мировой войны на повестку дня закономерно встал вопрос о реорганизации советских органов государственной безопасности. Вхождение в состав военных ведомств в годы войны позволяло органам «Смерш», опираясь на помощь военного командования, более эффективно решать свои задачи на фронте и в прифронтовой полосе. Однако сохранение раздробленности контрразведывательной службы в мирное время было признано нецелесообразным.
Вопрос об объединении органов государственной безопасности был поднят на уровне партийно-государственного руководства СССР весной 1946 г. К этому времени в рамках преобразования Совета народных комиссаров СССР в Совет министров СССР Наркомат государственной безопасности СССР, куда входили внешняя разведка, территориальные и транспортные органы безопасности, был переименован в Министерство государственной безопасности СССР.
По поручению И.В. Сталина министр государственной безопасности СССР В.Н. Меркулов, его заместитель С.И. Огольцов и начальник ГУКР «Смерш» НКО СССР В.С. Абакумов подготовили записку с проектом реорганизации МГБ СССР и представили ее 3 мая 1946 г. главе правительства. Проект предусматривал ряд серьезных структурных изменений в Министерстве государственной безопасности СССР, главным из которых было включение в состав министерства военной контрразведки «Смерш». 4 мая 1946 г. представленные предложения были утверждены на заседании Политбюро ЦК ВКП(б).
В составе МГБ СССР было образовано 3-е Главное управление, которое и стало руководить органами военной контрразведки. Примечательно, что отныне они стали именоваться в официальных документах «органами контрразведки» МГБ, а термин «Смерш» стал достоянием истории.
Реформа органов государственной безопасности, проведенная в мае 1946 г., повлекла за собой и смену руководства военной контрразведки. Бывший начальник ГУКР «Смерш» НКО В.С. Абакумов был назначен новым министром государственной безопасности СССР, что можно считать косвенным признанием заслуг его ведомства в борьбе с немецко-фашистскими спецслужбами в годы Великой Отечественной войны.
Третье Главное управление МГБ СССР в период 1946-1953 гг. поочередно возглавляли Н.Н. Селивановский (1946-1947), Н.А. Королев (1947-1951), Я.А. Едунов (19511952), С.А. Гоглидзе (1952-1953). Очень непросто сегодня дать однозначную оценку их деятельности. Первые послевоенные руководители военной контрразведки были людьми своего времени, своей эпохи. Проводившаяся в стране в конце 1930-х гг. и во время Великой Отечественной войны жесткая карательная политика не могла не наложить отпечаток на их мировоззрение, стиль оперативной работы и руководства подчиненными. В деятельности органов государственной безопасности СССР периода 1930-1950-х гг., к сожалению, присутствовал принцип «лес рубят — щепки летят», что нередко приводило к осуждению невиновных. В той или иной степени почти все первые послевоенные руководители военной контрразведки, в силу занимаемых должностей, приняли участие в массовых репрессиях, что сказалось в последующем и на их собственных судьбах. С другой стороны, несправедливо было бы отрицать их личный вклад в организацию эффективной борьбы органов «Смерш» с немецко-фашистскими спецслужбами на фронтах Великой Отечественной войны.
Проведенная в 1946 г. реорганизация органов государственной безопасности СССР практически совпала по времени с началом нового непростого этапа в развитии международных отношений. СССР и его бывшие союзники по антигитлеровской коалиции, исходя из собственных геополитических интересов, стремились максимально использовать положение победителей для укрепления своих позиций в мире. Вскоре после известной речи У. Черчилля, произнесенной им 5 марта 1946 г. в Вестминстерском колледже (г. Фултон, США), мир вновь оказался разделенным на два лагеря. К 1947 г. администрация США провозгласила политику «сдерживания коммунизма», которая фактически ставила своей целью свести к минимуму мощь и влияние Советского Союза в мире.
Резкое обострение напряженности в отношениях Запада с СССР и взятый военно-политическим руководством США и Великобритании курс на подготовку «превентивной» войны против СССР обусловили появление новых приоритетов в деятельности спецслужб стран-участниц блока НАТО. Основные их усилия были направлены на сбор разведывательной информации о Вооруженных Силах и оборонном потенциале Советского Союза, причем упор делался на вербовку агентуры среди советских военнослужащих и граждан социалистических государств.
Одним из главных плацдармов для развертывания агентурной и технической разведки спецслужбами стран блока НАТО против СССР и его союзников стали западные зоны оккупации Германии и Австрии. Особенно благоприятными для агентурной работы английской и американской разведок были 1945-1946 гг., когда среди советских военнослужащих и гражданских лиц преобладало доброжелательное отношение к бывшим союзникам, а служебные и личные контакты тех и других были весьма многочисленными. В этих условиях военной контрразведке МГБ пришлось приложить немало усилий для укрепления контрразведывательного режима в группах советских войск за границей и выявления агентуры западных разведок.
14 августа 1947 г. Управлением контрразведки МГБ Центральной группы войск (ЦГВ), обеспечивавшим безопасность советских частей и соединений, дислоцировавшихся в Австрии, был арестован за шпионаж переводчик отдельного радиодивизиона Разведуправления штаба ЦГВ младший лейтенант административной службы К.Е. Пузырев.
В ходе следствия выяснилось, что этот офицер, находясь в составе советских оккупационных войск, в июне 1946 г. инициативно установил в Вене связь с представителями американской разведки и был завербован ими в качестве агента. До дня своего ареста К.Е. Пузырев передал сотрудникам спецслужб США ряд секретных материалов, включая месячные сводки, составлявшиеся Разведуправлением штаба ЦГВ, и секретные книги, изданные Главным разведывательным управлением Генерального штаба НКО СССР.
Постановлением Особого совещания при министре государственной безопасности СССР в январе 1949 г. К.Е. Пузырев был приговорен к заключению в исправительно-трудовой лагерь сроком на 25 лет. После принятия нового УК РСФСР в 1960 г. определением Верховного суда Мордовской АССР срок заключения был снижен до 15 лет.
Летом 1953 г. советским органам государственной безопасности за рубежом пришлось впервые в своей практике столкнуться с массовыми антиправительственными выступлениями населения. 17 июня в 45 городах и населенных пунктах ГДР начались забастовки и демонстрации, в которых приняло участие более 300 тыс. человек. Выступления рабочих и других слоев населения были вызваны социально-экономической политикой правительства ГДР. Повышение норм выработки на заводах и некоторые другие непопулярные меры привели к существенному снижению уровня жизни большинства граждан.
Правоохранительные органы ГДР оказались не в состоянии справиться с волнениями. В этой связи в 13.00 17 июня 1953 г. главнокомандующий ГСОВГ вынужден был отдать приказ о введении на территории страны военного положения и применении для восстановления порядка советских войск. Примерно к 21.00 этого же дня волнения практически на всей территории ГДР были локализованы. На следующий день особыми отделами МВД совместно с военным командованием было создано в крупных городах ГДР 80 оперативных групп, которые принимали меры по окончательной стабилизации обстановки.
Всего при ликвидации беспорядков органами МВД СССР и полицией ГДР было задержано 8 тыс. 428 человек, однако уже к 24 июня 2 тыс. 946 из них было отпущено. 21 участник волнений был убит при столкновениях с полицией ГДР и советскими войсками, а 85 человек ранено. Потери полиции и МГБ ГДР, а также мирных граждан, поддержавших правительство, к 19 июня составили 7 человек убитыми и 151 ранеными.