Распад в 1991 г. Советского Союза и создание национальных органов безопасности образовавшихся 15 самостоятельных государств повлекли за собой достаточно болезненный процесс деления единого организма органов военной контрразведки. Многим сотрудникам пришлось определяться — продолжать работать в новых спецслужбах, созданных в прежних союзных республиках, либо увольняться и уезжать на новое место жительства.
Осенью 1991 г. в Российской Федерации на базе бывшего 3-го Главного управления КГБ СССР было образовано Главное управление военной контрразведки МСБ России. В течение нескольких последующих лет организационная структура центрального аппарата военной контрразведки России претерпевала неоднократные изменения. В конечном итоге он стал именоваться Управлением военной контрразведки ФСБ России.
Первым руководителем теперь уже российской военной контрразведки стал Ю.Е Булыгин. В дальнейшем УВКР ФСБ России последовательно возглавляли А.А. Моляков и В.И. Петрищев.
С 2000 г. начальником Управления является А.Г. Безверхний.
1990-е годы стали для органов военной контрразведки весьма сложным временем. В силу ряда причин резко обострилась оперативная обстановка, болезненные процессы происходили в кадровом составе органов безопасности. Не все сотрудники смогли выдержать тот вал критики и несправедливых обвинений, которые сыпались в их адрес. Некоторые опытные контрразведчики по той или иной причине ушли в отставку, однако костяк аппарата военной контрразведки все же сохранился.
То, что российская военная контрразведка по-прежнему боеспособна, показали события на Северном Кавказе. В ходе двух «чеченских кампаний» органами безопасности в войсках была проделана огромная и исключительно важная работа. Причем деятельность сотрудников военной контрразведки на территории Чеченской Республики в 1994-1996 и 19912002 гг. нередко оказывалась шире предписанных им функций и обязанностей. Жизнь и боевая обстановка вносили в них свои поправки.
Только в 2000-2001 гг. в Чечню было командировано около 2 тыс. военных контрразведчиков, причем не было ни одного отказа выполнить приказ. В боях с бандформированиями пали смертью храбрых капитан С.С. Громов, капитан А.К. Лахин, майор Г.М. Медведев, майор К.М. Милованов и некоторые другие. Десятки контрразведчиков получили ранения.
Капитан Сергей Сергеевич Громов проходил службу в органах военной контрразведки с 1990 г. и зарекомендовал себя компетентным, смелым и решительным офицером. В 1993 г. он был направлен для решения контрразведывательных задач в зону грузино-абхазского конфликта, где проявил свои высокие профессиональные и нравственные качества.
С 30 ноября 1994 г. капитан С.С. Громов, будучи оперуполномоченным отдела ФСБ по 106-й гвардейской воздушно-десантной дивизии, находился в Северо-Кавказском регионе и принимал участие в операции по восстановлению конституционной законности и правопорядка в Чеченской Республике. По личной просьбе был оставлен в зоне боевых действий на второй срок.
В боевой обстановке контрразведчик, подобно своим предшественникам времен Великой Отечественной войны, действовал уверенно и хладнокровно. Только в одном из многих боевых эпизодов по отражению контратаки на командный пункт 51-го полка он лично уничтожил пять боевиков. При выдвижении полка в район Грозного, проявив оперативное мастерство, в условиях смертельной опасности добыл информацию о нахождении засады боевиков на маршруте движения колонны в населенном пункте Долинское. Благодаря этой информации и принятым военным командованием упреждающим действиям удалось избежать потерь в составе полка.
На протяжении нескольких месяцев капитан С.С.Громов вел результативную оперативную работу по добыванию информации о действиях мобильных групп боевиков, снайперах, их огневых точках, местах хранения оружия и расположения боевой техники в занятых бандформированиями районах Грозного.
5 февраля 1995 г., когда сводный отряд 51-го полка дивизии, выполняя приказ командования Западной группировки войск, вел ожесточенный бой по закреплению на плацдарме на правом берегу реки Сунжа в Грозном, капитан С.С. Громов своими мужественными действиями внес значительный вклад в освобождение важного в тактическом отношении высотного здания, использовавшегося боевиками в качестве укрепленной огневой точки, сдерживавшей продвижение войск и наносившей им потери. В ходе боя контрразведчик получил смертельное ранение.
За мужество и героизм, проявленные при исполнении служебного долга, капитану Сергею Сергеевичу Громову посмертно было присвоено звание Героя Российской Федерации.
Другой военный контрразведчик, капитан И.В. Яцков, также посмертно удостоенный высокого звания Героя Российской Федерации, совершил свой подвиг 11 января 2000 г. во время второй «чеченской кампании». В составе передовых подразделений 136-й мотострелковой бригады в районе населенного пункта Кири Чеберлоевского района Чеченской Республики он принял бой с превосходящими силами боевиков. По лу чив несколько тяжелых ранений, истекая кровью, он до конца оставался в боевых рядах оборонявшихся.
Военные контрразведчики с честью справились со своей основной задачей — обеспечением безопасности войск в зоне боевых действий. Информация, добываемая через внедренную в бандгруппы агентуру, позволяла предотвращать диверсионно-террористические акты боевиков, выявлять их пособников. Во многих случаях военные контрразведчики участвовали в осуществлении специальных операций, брали командование обслуживаемых подразделений на себя, выводили личный состав из окружения и делали все возможное, чтобы снизить потери среди солдат и офицеров.