В последние месяцы войны в деятельности фашистской разведки на первый план выдвигались диверсионно-террористические методы борьбы против советских войск и новых общественно-политических структур освобожденных стран Восточной Европы. Прилагались также большие усилия по созданию вооруженного подполья и развертыванию повстанческой деятельности. В этих целях активно использовались польские и украинские подпольные организации, формирования Армии Крайовой и Украинской повстанческой армии, совершавшие нападения на подразделения Красной Армии, мелкие группы и отдельных советских военнослужащих, убивавшие сторонников и активистов новой власти.
Забрасываемая в тыл Красной Армии или оставляемая при отступлении агентура, как правило, сводилась в разведывательно-диверсионные и террористические группы, которые имели задание создавать тайные склады оружия и шпионско-диверсионного оборудования. Группы комплектовались, прежде всего, из немцев, ранее проходивших службу в специальных подразделениях вермахта.
Оперативный розыск и уничтожение затаившихся в лесах диверсионно-террористических и повстанческих групп стали одним из главных направлений деятельности ГУКР «Смерш» этого периода.
Так, в ходе допросов арестованных органами «Смерш» 3-го Белорусского фронта диверсантов было установлено, что в декабре 1944 г. полицейские и части войск СС секретно проводили работы по строительству специальных укрытий для диверсантов в лесах Восточной Пруссии. 26 января 1945 г. в тылу 39-й армии, в лесу, в 6 километрах севернее деревни Альт-Гертлаунен, в специально сооруженном укрытии органами «Смерш» была выявлена и арестована группа германских диверсантов. Она состояла из немцев, членов НСДАП, участников штурмовых отрядов СА Иоделя, Даната, Штехера, Эбеля, Фельдшмута, Левальда, Парта и Домшейта. Арестованные показали, что были подготовлены и оставлены в укрытии для диверсионной работы. Они имели задание собирать и передавать по радио сведения о частях Красной Армии, совершать диверсии и убивать командиров Красной Армии. В этом же лесу были обнаружены два замаскированных подземных склада с вооружением.
1 марта 1945 г. во время прочесывания лесного массива в Тухольском уезде Поморского воеводства, организованного ОКР «Смерш» 18-го стрелкового корпуса, были найдены два тщательно замаскированных склада с взрывчатыми веществами, оставленными немцами для диверсионных групп. Оба склада были зарыты в землю. При вскрытии было обнаружено: 2 ящика гранат «панцерфауст», 500 толовых шашек, 800 м детонирующего шнура, 49 зажигательных термитных шашек, 196 ампульных взрывателей, 23 листа листового взрывчатого вещества, 925 капсюлей-детонаторов, 7 взрывателей к минам, 15 терочных воспламенителей и т.д. Там же были найдены 2 ручных пулемета, 10 винтовок и 3000 патронов.
Всего с 14 января по 31 марта 1945 г. УКР «Смерш» 3-го Белорусского фронта в Восточной Пруссии было выявлено 38 потайных складов с оружием и боеприпасами, оставленными германским командованием и военной разведкой в тылу войск фронта для снабжения террористов и диверсантов. В обнаруженных складах и при арестах в общей сложности было изъято: пушек — 2, минометов — 2, противотанковых ружей — 151, пулеметов — 300, автоматов, винтовок и пистолетов — 4030, гранат и снарядов — 47 451, патронов — 803 489, взрывчатки — 2491 кг, радиостанций — 6, множительных аппаратов — 17.
При стремительном продвижении советских войск по территории Германии и ее союзников органы «Смерш» Действующей армии были сориентированы на розыск руководителей, официальных сотрудников и агентуры спецслужб противника.
Так, оперативная группа УКР «Смерш» 2-го Украинского фронта и подчиненные ей опергруппы армейских аппаратов «Смерш» за период с 15 января по 15 марта 1945 г. арестовали в городе Будапеште 588 человек. Среди них оказались: 110 агентов немецкой разведки и контрразведки, 20 агентов венгерской контрразведки, 56 участников диверсионно-террористических отрядов «Пруной», 10 официальных сотрудников немецкой разведки и контрразведки, 30 официальных сотрудников венгерской разведки и контрразведки и т.д.
В поле зрения розыскников «Смерш» находились также и наиболее влиятельные фигуры антисоветского движения из числа эмигрантов. После освобождения стран Европы от немецких оккупантов немедленно проводились мероприятия по розыску и задержанию подобных лиц. Так, например, 24 декабря 1944 г. сотрудниками УКР «Смерш» 3-го Украинского фронта в югославском городе Нови-Сад был арестован активный деятель РОВС и НТСНП, бывший депутат Государственной думы России В.В.Шульгин.
В самом конце войны и в первые месяцы после ее завершения оперативникам ГУКР «Смерш» удалось разыскать и арестовать своих непосредственных противников — руководителей немецкой военной разведки. Во Внутренней тюрьме на Лубянке оказались: начальник отдела «Абвер-1» Ганс Пиккенброк, заместитель начальника отдела «Абвер-2» и начальник «Абверштелле-Берлин» Эрвин Штольце, начальник отдела «Абвер-3» Франц Бентивеньи, начальник подразделения 3Ф1 (контрразведка за линией фронта) Фридрих фон Розенберг-Грушницкий, начальник «Абверштелле-Вена» Отто Эрнст Амстер, начальник «Абверштелле-Прага» Ганс фон Деммель, начальник «Абверштелле-Бухарест» Эрих Родлер, начальник отдела «Валли-2» Теодор Мюллер, ряд руководителей абверкоманд и абвергрупп, несколько начальников разведывательно-диверсионных школ и курсов.
Полученные от них ценные сведения о структуре, формах и методах работы Абвера, его гласном и негласно кадровом аппарате послужили для советских органов безопасности незаменимым материалом для продолжения оперативного розыска агентуры и официальных сотрудников немецкой разведки на долгие годы.