В связи с изменениями оперативной обстановки в начале января 1945 г. И.В. Сталин одобрил инициативу по введению института уполномоченных НКВД СССР на всех фронтах Западного театра военных действий. Это было связано с расширением масштабов и дальнейшим ростом темпов наступательных операций советских войск, что, соответственно, требовало от органов безопасности, особенно с учетом нахождения на территории Германии и других европейских стран, более масштабной и эффективной работы, в том числе по фильтрации пленных и перемещенных лиц.
В соответствии с Постановлением СНК от 6 января 1945 г. за № 30-12с при штабах фронтов начали функционировать отделы по делам репатриации (аппараты уполномоченного СНК СССР генерал-лейтенанта Ф.И. Голикова), которые создавали сборно-пересыльные пункты (СПП) для приема и проверки советских граждан, освобожденных Красной Армией.
Проверку жителей приграничных областей СССР осуществляли 16 проверочно-фильтрационных пунктов (ПФП) НКВД СССР, расположенных в УССР, БССР, РСФСР, Молдавии, Эстонии, Ленинградской и Мурманской областях. В СПП госпроверку проводили проверочно-фильтрационные комиссии в составе представителей от НКВД (председатель), ГУКР «Смерш» НКО и НКГБ (члены комиссии) и оперативных сотрудников ведомств, в ПФП — личный состав оперативных групп НКВД. Эти структуры были подчинены уполномоченным НКВД СССР на фронтах. Приказ об их назначении Л.П. Берия подписал 11 января 1945 г. В тот же день он доложил И.В. Сталину (ГКО), В.М. Молотову (СНК) и Г.М. Маленкову (ЦК ВКП(б)), что в соответствии с их указаниями им утверждены уполномоченные из числа руководящих работников НКВД, НКГБ, НКО СССР и ГУКР «Смерш», которым даны соответствующие задания по обеспечению очистки фронтовых тылов от вражеских элементов и которые выехали к местам назначения.
Уполномоченными на всех семи фронтах были поставлены крупные руководители органов госбезопасности и внутренних дел: заместитель наркома внутренних дел СССР И.А. Серов (1-й Белорусский), нарком госбезопасности БССР Л.Ф. Цанава (2-й Белорусский), начальник ГУКР «Смерш» НКО СССР В.С. Абакумов (3-й Белорусский), заместитель начальника ГУКР «Смерш» НКО СССР П.Я. Мешик (1-й Украинский), заместитель начальника ГУКР «Смерш» НКО СССР Н.Н. Селивановский (4-й Украинский), уполномоченный НКВД и НКГБ СССР по Литовской ССР И.М. Ткаченко (1-й Прибалтийский), начальник УНКГБ по Ленинградской области П.Н. Кубаткин (2-й Прибалтийский). Их заместителями назначались действующие начальники УКР «Смерш» фронтов и начальники войск НКВД по охране тыла фронта.
По существу, уполномоченные НКВД СССР на фронтах являлись главными оперативными начальниками, а их заместители непосредственно осуществляли и координировали работу, связанную с розыском агентуры противника, обеспечением непроницаемости линии фронта, очисткой тыла Красной Армии от действующих и потенциальных враждебных элементов, охраной железнодорожных узлов и промышленных предприятий. От своих прямых обязанностей уполномоченные НКВД СССР не освобождались. Уполномоченным НКВД по фронтам предписывалось немедленно проводить мероприятия по выявлению и аресту участников различных вражеских организаций, бандитско-повстанческих групп, выявлять и изымать нелегальные радиостанции, склады оружия, подпольные типографии, материально-технические базы, предназначенные для диверсионной работы.
Специально созданным при уполномоченных оперативным группам следовало выявлять и проводить аресты лиц, принадлежавших к командному или оперативному составу полицейских органов, тюрем, концентрационных лагерей, а также военных комендантов, прокуроров, следователей, членов военных судов, трибуналов, руководителей областных, окружных, уездных дум и управ, крупных хозяйственных и административных организаций, бургомистров, членов фашистских организаций, редакторов газет, журналов, авторов антисоветских изданий, командный и рядовой состав армий стран, воюющих с СССР, включая РОА и другие национальные легионы немецко-фашистской армии.
В процессе проведения указанных оперативных мероприятий уполномоченным НКВД СССР предлагалось «широко использовать органы «Смерш» фронтов». Для обеспечения деятельности уполномоченных им были подчинены все находившиеся на местах войска НКВД по охране тыла численностью 31тыс. 99 человек и дополнительно выделены из состава внутренних, пограничных и стрелковых войск НКВД четыре дивизии и четыре отдельных полка общей численностью 27 тыс. 900 человек, которым следовало прибыть в районы их использования к 20 января 1945 г.
Наибольшее число войск выделялось на Белорусские и Украинские фронты. В частности, в распоряжение В.С. Абакумова на 3-й Белорусский фронт в Восточную Пруссию направлялось 12 тыс. 35 бойцов и командиров 57-й стрелковой дивизии внутренних войск НКВД. Согласно приказу, в аппараты уполномоченных откомандировывалось 1050 опытных чекистов, а с центром обеспечивалась бесперебойная ВЧ-связь.
Как показали дальнейшие события, аппараты уполномоченных сыграли важную роль в концентрации и координации усилий соответствующих ведомств по осуществлению оперативно-розыскных мероприятий и чекистско-войсковых операций в районах наступательных действий Красной Армии. В последние месяцы решающих боев такая мера была всесторонне оправдана. Она усиливала потенциал всех советских спецслужб на фронте, так как позволяла оперативно решать тактические и практические задачи по охране тыла советских войск. Особые полномочия позволяли осуществлять маневрирование силами и средствами, тесно увязывать действия органов «Смерш» с планами военного командования. Наличие таких полномочий позволяло точно и своевременно информировать руководство страны и практически ежедневно согласовывать с ним вопросы, имевшие не только военное, но и политическое значение: ведь события происходили на территории зарубежных государств.
Это видно из докладных записок, направлявшихся уполномоченными в НКВД СССР на имя Л.П. Берия, который, в свою очередь, как заместитель председателя ГКО и главы советского правительства немедленно информировал И.В. Сталина, В.М. Молотова и других высших политических и военных руководителей страны. Все мероприятия проводились в русле советской политики, которая осуществлялась в рамках международных договоренностей по послевоенному устройству мира в Европе.
В числе первых 13 января 1945 г. в НКВД СССР на имя Л.П. Берия из Люблина поступила записка от уполномоченного И.А. Серова. Он совместно с начальником УКР «Смерш» А.А. Вадисом, начальниками ОКР «Смерш» армий и командирами частей НКВД доложил о результатах очистки тыла 1-го Белорусского фронта. Речь шла о деятельности опергрупп и войск НКВД по охране коммуникаций, ведущих к фронту, об арестах в полосе фронта, изъятом оружии и различном снаряжении.
Докладная записка по ВЧ-связи Л.П. Берия от В.С. Абакумова была направлена 15 января. В ней описывались аналогичные действия, а также характеризовались принятые меры по недопущению проникновения вражеских шпионов и других подозрительных лиц в штабы, узлы связи, шифровальные и иные управленческие структуры фронта и армий, по усилению охраны водоемов и колодцев.
24 января 1945 г. Л.П. Берия впервые сообщил обобщенные данные о результатах деятельности уполномоченных НКВД СССР на фронтах в ГКО И.В. Сталину, в СНК в В.М. Молотову и в ЦК ВКП(б) Г.М. Маленкову. В докладе указывалось, что по состоянию на 22 января оперативными группами задержано 2992 человека, которые фигурировали в отчете как «враждебные элементы». У этих лиц чекисты изъяли 6 орудий и минометов, 99 пулеметов, 321 автомат и противотанковое ружье, 1792 винтовки, 144 пистолета и револьвера, 1003 гранаты, 80 мин, 167 263 патрона, 70 радиостанций и 4 радиоприемника. Такие сведения из НКВД СССР направлялась в инстанции регулярно.
В экстренных случаях особо важная информация от уполномоченных передавалась наверх немедленно. Так, по докладам И.А. Серова в феврале и октябре 1945 г. Л.П. Берия направил И.В. Сталину мучительные для Верховного сведения о встречах с Яковом Джугашвили югославского генерала Стефановича, военнопленных поляков, грузинского эмигранта Валико Тогонидзе. Последний, один из вербовщиков в лагерях военнопленных, рассказал о беседе с сыном Сталина: «Мы отошли в сторону, и я спросил у Джугашвили, в каких условиях он попал в плен. Он ответил: «Мы не сдавались в плен, а нас взяли в плен. Нас окружили. Сопротивление было невозможно, т.е. мы сопротивлялись до пределов возможности». — «На что вы еще надеетесь?» — спросил я. «На победу, — твердо ответил он, — на победу, которая неизбежно будет. Жаль только, что судьба лишила меня возможности быть ее участником». — «Говорят, что у вас с отцом были плохие отношения, что он даже одно время вас удалил от себя». Джугашвили ответил: «Мало ли что могут сказать, это все глупости и могут вызвать только смех. Кто может судить о чувствах родителей и детей друг к другу, кроме их самих? Наш отец суров к врагам, но нежен к детям. Он нас, детей, сильно любил нежной любовью. Мы его также сильно любили. У меня с ним были прекрасные отношения. Я сильно о нем скучаю. Этого бы не было, если бы у нас были плохие отношения»». Документы свидетельствуют, что на протяжении всей войны наряду с другими задачами военная контрразведка отслеживала информацию о судьбе попавших в плен крупных военачальников и известных людей. В их числе был и Яков Джугашвили.