После реорганизаций, проведенных в апреле — июле 1943 г., наркомат внутренних дел продолжал оставаться самым влиятельным правоохранительным органом страны. В НКВД по-прежнему входило большое количество подразделений центрального аппарата и войск НКВД, которые представляли собой и оперативные, и силовые структуры. Оперативный блок НКВД составляли подразделения, выполнявшие разведывательные, контрразведывательные и оперативно-розыскные функции. К силовому блоку наркомата относились войска НКВД, военизированные подразделения МПВО и милиции и приданные органам внутренних дел истребительные батальоны НКВД — УНКВД. Истребительные батальоны активно привлекались для борьбы с заброшенными в тыл вражескими парашютистами и диверсионно-террористическими группами, вылавливали дезертиров, мародеров и бандитов. Все задержанные ими парашютисты противника после предварительного допроса передавались в органы контрразведки «Смерш» НКО СССР, а в тыловых областях — органам НКГБ.
Органы контрразведки «Смерш», оперативно обслуживавшие войска НКВД, формировались в соответствии с организационной структурой самих войск. В каждой дивизии, бригаде, пограничном отряде и других имелись подразделения, осуществлявшие контрразведыва-тельное обеспечение этих соединений и частей. Независимо от того, размещалась ли дивизия НКВД в одном городе или же ее полки либо батальоны, бригады конвойных войск дислоцировались в нескольких областях страны, их оперативное обеспечение осуществлялось только подразделениями «Смерш» наркомата внутренних дел в соответствующих войсках НКВД. Такая структура позволяла руководству ОКР, а в конечном счете руководству НКВД знать истинное положение не только в данной бригаде или дивизии, но и в войсках НКВД в целом.
В органах контрразведки «Смерш» НКВД за трехлетний период их существования неоднократно происходили изменения организационной структуры. Они были связаны, во-первых, с постоянными реорганизациями частей и соединений войск НКВД, проводившимися ГКО в интересах решения стратегических или тактических задач на фронте и в прифронтовой полосе, на государственной границе СССР и в глубоком тылу страны. В этих целях формировались группировки войск НКВД, создавались новые дивизии, бригады и отдельные полки НКВД, контрразведывательную работу в которых вели вновь образуемые или реорганизованные подразделения контрразведки «Смерш». Приказы НКВД о переподчинении частей и соединений издавались практически ежемесячно, а в случае необходимости — и по нескольку раз в месяц.
Во-вторых, в соответствии с указами Президиума Верховного Совета СССР в западных областях, по мере их освобождения от оккупантов, проводились мероприятия по организации, реорганизации и передислокации местных органов НКВД (районных, городских отделений и отделов НКВД, районных и городских отделений и отделов милиции, опорных пунктов милиции). Контрразведывательное обеспечение управлений милиции, городских и районных, а также железнодорожных органов милиции, школ милиции, городских и районных подразделений пожарной охраны, управлений (контор) дорог и дорожно-эксплуатационных участков, управлений и предприятий специальной торговли (магазинов, столовых, баз, промкомбинатов), санитарных частей и других подразделений органов НКВД, аппаратов военных прокуроров и трибуналов НКВД на местах поручалось органам контрразведки «Смерш» НКВД — УНКВД республик, краев и областей. В этих целях формировались новые или укрупнялись существующие подразделения контрразведки «Смерш».
В то же время основные принципы построения и функционирования контрразведки в органах внутренних дел сохранялись с момента их образования до упразднения.
По состоянию на август 1943 г. структура органов контрразведки наркомата представляла собой следующее: ОКР «Смерш» НКВД СССР, двенадцать ОКР «Смерш» охраны тыла фронтов, два отдела «Смерш» округов внутренних войск (Украинский и Северокав-казский), десять отделов «Смерш» пограничных округов, а также самостоятельные отделы «Смерш» в 1-й мотострелковой дивизии и Отдельной мотострелковой бригаде особого назначения войск НКВД. Кроме того, было создано четыре отдела контрразведки «Смерш» НКВД в крупных промышленных городах: Москве, Куйбышеве (Самаре), Новосибирске и Свердловске (Екатеринбурге), где находилось большое количество особо важных предприятий промышленности и крупные железнодорожные узлы, именуемые соответственно Московский, Куйбышевский, Новосибирский, Свердловский ОКР «Смерш».
В начале 1945 г. в составе органов контрразведки «Смерш» НКВД было уже семь ОКР «Смерш» округов внутренних войск и восемнадцать ОКР «Смерш» НКВД пограничных округов. К этому времени была расформирована Отдельная мотострелковая бригада особого назначения войск НКВД. Отделы контрразведки «Смерш» НКВД по охране тыла фронтов постоянно переформировывались в соответствии с упразднен ем одних и образованием или переименованием других фронтов.
После вступления советских войск в Австрию, Венгрию, Германию, Польшу, Румынию, Чехословакию произошло существенное изменение оперативной обстановки. Несмотря на поддержку большинством населения иностранных государств освободительного похода Красной Армии, там имелось и достаточное число враждебно настроенных к русским лиц. В тылу советских войск действовали многочисленные фашистские организации, подпольные националистические вооруженные формирования, агенты, специально подготовленные для ведения подрывной работы. Для обеспечения безопасности тыла Действующей армии и войск, находящихся за границей, требовалась адекватная реакция сил и средств контрразведки НКВД.
В январе 1945 г. образуются отделы контрразведки «Смерш» НКВД по охране тыла и коммуникаций на территории Румынии и Венгрии. Весной того же года фронтовые отделы контрразведки органов внутренних дел реорганизуются в отделы контрразведки «Смерш» НКВД по охране тыла: Группы советских оккупационных войск в Германии (ГСОВГ), Северной группы войск (СГВ) в Польше, Центральной группы войск (ЦГВ) в Австрии и Южной группы войск (ЮГВ) в Венгрии.
Летом и осенью 1945 г. в связи с проведением боевых действий против Японии на Дальнем Востоке произошло значительное усиление группировки войск Красной Армии. Одновременно на Дальний Восток передислоцировались части и соединения НКВД (пограничные полки, бригады и полки внутренних войск и правительственной связи), перед которыми стояли задачи по охране тыла Действующей армии, в том числе на территории Маньчжурии и Монголии. Соответствующая перегруппировка сил проводилась и в органах контрразведки «Смерш» НКВД.