Как видно из вышеизложенного, в контрразведке «Смерш» НКВД СССР существовали проблемы с кадрами оперативного состава. Для их решения на службу в «Смерш» направлялись сотрудники, подготовленные по ускоренной программе. Кроме того, широко использовались стажеры и практиканты из числа сержантского состава войск НКВД.
В отделе кадров наркомата на учете находился каждый сотрудник органов контрразведки «Смерш». В случае направления на лечение в госпиталь представители кадровых аппаратов прослеживали его дальнейшее перемещение, с тем чтобы после выздоровления контрразведчик не откомандировывался в другие службы. В июле 1943 г. нарком внутренних дел издал приказ, согласно которому начальникам отделов контрразведки НКВД «Смерш» фронтов и округов предписывалось в декадный срок отобрать в пограничных и внутренних войсках НКВД командиров среднего звена и политработников, которых можно было бы использовать как практикантов в контрразведывательных подразделениях. Зачисление практикантов на штатные должности в отделы контрразведки
«Смерш» проводилось только с санкции отдела кадров НКВД СССР. В целях подготовки квалифицированных сотрудников специально подобранные кандидаты направлялись в Куйбышевскую межкраевую школу НКВД с годичным сроком обучения.
С теми же проблемами комплектования сталкивались и территориальные подразделения НКВД. Вновь создаваемые на освобождаемых территориях отделы (отделения) «Смерш» были недостаточно укомплектованы, иногда даже менее чем наполовину от штатной численности. Среди оперативных сотрудников преобладали, как правило, бывшие рядовые и сержанты внутренних и пограничных войск НКВД, имевшие незначительную теоретическую подготовку, а к практической работе приступившие лишь по прибытию в местные органы «Смерш».
В некоторых подразделениях контрразведки «Смерш» УНКВД тыловых областей подчас не было ни одного сотрудника, имевшего опыт оперативно-розыскной работы.
Несмотря на кадровый голод, органами контрразведки «Смерш» НКВД в целом успешно вскрывались недостатки в работе учреждений и войск НКВД. О них постоянно докладывалось Л.П. Берии. Так, за период с 1 июля 1943 г. по 1 апреля 1944 г. контрразведывательными подразделениями «Смерш» НКВД в органах милиции, пожарной охраны и МПВО за измену Родине, шпионаж и другую антисоветскую деятельность было арестовано 192 человека. Такое состояние с подбором кадров не могло не беспокоить наркома внутренних дел. 4 апреля он дает указание руководителям наркомата Апполонову, Галкину, Обручникову и Осокину представить в пятидневный срок предложения о порядке проверки принимаемых и уже принятых на работу лиц.
Особенно тщательно расследовались антиобщественные проступки сотрудников органов контрразведки «Смерш», за которые они не только наказывались в дисциплинарном порядке, но и увольнялись из органов.
Во всех органах контрразведки Смерш» борьба за чистоту рядов велась неуклонно и настойчиво. В начале декабря 1944 г. заместитель начальника УКР «Смерш» 3-го Белорусского фронта генерал-майор Шишлин направил спецсообщение на имя В.С. Абакумова о недозволенных методах оперативно-следственной работы в разведотделах, пограничных и других войсках НКВД. Он приводил вопиющие факты получения «признаний» о принадлежности к вражеской агентуре путем обмана, угроз и мер физического воздействия, а также нарушений и халатности в ходе проверки документов нарядами и заставами войск. Фронтовые смершевцы выявили конкретные факты очковтирательства со стороны подразделений войск НКВД по охране тыла. Их сотрудники бойко рапортовали о задержании и разоблачении агентуры противника, бандитов, мародеров, дезертиров и других преступных элементов. Между тем данные о передаче этих лиц в органы «Смерш» фронта не соответствовали действительности. Как отмечалось в спецсообщении, несмотря на информирование об этих фактах начальника войск по охране тыла фронта, никаких мер не принималось. Абакумов доложил обо всем наркому Берия. Тот дал указание провести проверку на месте, направив двух ответственных сотрудников от соответствующих управлений и одного от Отдела контрразведки «Смерш» НКВД СССР.
В ноябре, когда эта история приобрела определенный резонанс и стала истолковываться как личная заинтересованность Абакумова, начальник контрразведки «Смерш» НКО подготовил наркому Берия официальную записку с объяснениями. «Об этом, — писал он, — я не имею никакого понятия, так как никого не просил доставать мне мебель и ее не получал». Далее он сообщал о ходе расследования данной ситуации, об отсутствии каких-либо свидетельств противного и доложил, что после возвращения из белостокской командировки по его распоряжению мебель из Административно-хозяйственного отдела ГУКР «Смерш» будет возвращена на склад Квартирно-эксплуатационного управления НКО СССР. Дело было закрыто.
В конце декабря 1944 г. Абакумов в докладной записке информировал Берия относительно инцидента с задержанием 27 ноября КПП 20-го пограничного отряда войск НКВД грузовой автомашины Отдела контрразведки «Смерш» 53-й армии 2-го Украинского фронта. В ней находились вещи, отправленные из расположения армии в Москву родственникам сотрудников контрразведки. Как выяснилось, вещи были приобретены за личные деньги чекистов, но в целях беспрепятственного провоза через госграницу отправлены под видом служебных документов в адрес ГУКР «Смерш». Своим приказом по управлению от 25 декабря 1944 г. Абакумов уволил из органов военной контрразведки одного из заместителей начальника отдела и начальника секретариата «Смерш» армии, а начальника отдела арестовал на 20 суток без исполнения служебных обязанностей, с использованием в дальнейшем с понижением. Второй заместитель начальника по этой же причине был арестован на 10 суток, но с исполнением служебных обязанностей и перспективой понижения в должности. Этим же приказом все сотрудники органов контрразведки «Смерш» предупреждались, что «за незаконный провоз каких-либо вещей через государственную границу» виновные впредь будут отданы под суд. 27 декабря Берия ознакомился с запиской, но никаких распоряжений не сделал, согласившись с принятыми мерами наказания.
Помимо оперативной работы в войсках, ОКР «Смерш» НКВД и его подчиненные подразделения «Смерш» в НКВД — УНКВД осуществляли контрразведывательное обеспечение учреждений внутренних дел. При этом особое внимание обращалось на подбор, изучение и проверку персонала всех структурных подразделений аппарата, включая хозяйственные и обслуживающие (столовые, магазины военторгов, подсобные хозяйства, мастерские, гаражи и т.д.). К их числу относились подразделения милиции, пожарной охраны, местной противовоздушной обороны, архивы и другие.
Особенно много хлопот контрразведчикам добавилось при организации органов НКВД на освобожденных территориях страны. Как и в довоенное время, на уровне среднего и младшего звена они в основном комплектовались из местного населения. Между тем в ранее оккупированных районах немецкие разведывательные и контрразведывательные органы оставляли на оседание большое количество своей агентуры. Причем не только для сбора информации и проведения диверсионно-террористических актов, но и для внедрения в местные органы управления и войска НКВД.
В результате проведения оперативно-розыскных мероприятий отделами контрразведки «Смерш» в течение января — августа 1944 г. в учреждениях и подразделениях НКВД было арестовано 704 человека, в том числе: 22 человека по подозрению в шпионаже, 14 изменников Родине; 94 предателя и пособника немецким оккупантам; 23 человека за службу в немецкой полиции; 102 дезертира, 149 человек за антисоветскую, пораженческую и прочую контрреволюционную деятельность.
По материалам органов «Смерш» из органов НКВД было уволено 2512 человек, понижено в должности, в том числе и за совершение всевозможных проступков 354 человека, на 756 сотрудников и военнослужащих, совершивших должностные преступления, материалы были переданы в особые инспекции кадровых аппаратов НКВД — УНКВД.
Разоблачения агентов немецкой разведки проводились не только в аппаратах органов внутренних дел, находящихся на освобожденных территориях, но и расположенных в далеких тыловых областях. Например, отделом контрразведки «Смерш» УНКВД по Горьковской области был арестован агент немецкой разведки — ответственный сотрудник отдела Управления шоссейных дорог, который, проживая на оккупированной территории в Донбассе, был завербован немецкой полевой жандармерией для выявления партизан.
А отдел контрразведки «Смерш» УНКВД по Молотовской области арестовал шесть агентов немецкой разведки, принятых на службу в органы милиции. Разоблачения и аресты агентов немецких спецслужб в органах милиции и пожарной охраны проводились и другими местными подразделениями контрразведки «Смерш».