5 июля 1943 г. начальник ГУКР «Смерш» НКО СССР В.С. Абакумов в записке в ГКО на имя И.В. Сталина доложил о результатах расследования УКР «Смерш» Северокавказского фронта фактов о зверствах, учиненных зондеркомандой СС 10 А в городе Краснодаре. Как видно из доклада, следствие началось в феврале 1943 г. после обращения в оперативную группу «Смерш» фронта семи местных граждан. В период оккупации те служили в указанном карательном органе, но заявили, что якобы являлись членами антифашистской группы, связанной с подпольной коммунистической организацией. «Подпольщики» подготовили акт о зверствах фашистов. Документ оказался настолько насыщен подробностями, что следователи и оперативники «Смерш» заподозрили, что эти граждане сами участвовали в преступлениях. Следствие подтвердило догадку. Выяснилось, что не успевшие сбежать каратели решили выдать себя за подпольщиков, чтобы избежать наказания за измену и зверства. Расследование показало, что по приказу немецкого командования зондеркоманда гестапо под началом полковника Кристмана занималась истреблением советских людей. Среди пленных офицеров и тюремных врачей удалось дополнительно выявить пособников карателей из числа советских граждан: они выполняли работу следователей, медработников и полицейских.
Зондеркоманда СС 10А зверски истребила в Краснодаре более 4 тыс. человек, включая женщин, стариков и детей. Помимо мучительных пыток фашисты использовали специально присписобленные машины для удушения людей угарным газом. После этих, как их стали называть, «душегубок» мертвых сбрасывали в противотанковые рвы вблизи города. Для экспертизы массовых захоронений трупов УКР «Смерш» фронта привлекло специальную судебно-экспертную комиссию из числа краевых специалистов-медиков и химиков. Одновременно проводился опрос осужденных свидетелей.
По окончании следствия дело по указанию Г.М. Маленкова было затребовано в Москву, где его просматривали председатель Чрезвычайной государственной комиссии Н.М. Шверник, заместитель наркома иностранных дел А.Я. Вышинский, нарком юстиции Н.М. Рычков, прокурор СССР В.М. Бочков и начальник ГУКР «Смерш» НКО СССР В.С. Абакумов. Согласно принятому в Москве решению дело поручили рассмотреть на открытом заседании Военного трибунала Северокавказского военного округа.
Процесс открылся 14 июля в городе Краснодаре в помещении кинотеатра «Великан». На скамье подсудимых оказались следователь зондеркоманды, бывший военрук Краснодарского училища В.П. Тищенко, врач тюрьмы гестапо А.П. Ковалев, командир отдельного карательного отряда бывший политрук Н.С. Пушкарев, а также полицейские карательного отряда зондеркоманды СС 10 А из числа изменников и служащих краснодарских учреждений. На процессе присутствовал член ЧГК писатель А.Н. Толстой, иностранные и советские представители прессы.
На основании Указа от 19 апреля 1943 г. Военный трибунал округа приговорил восемь человек к смертной казни через повешение, а троих — к 20 годам каторжных работ. Судебное решение на первом открытом процессе было одобрительно встречено всеми присутствовавшими, включая иностранцев. В газете «Правда» 19 июля 1943 г. была опубликована передовая статья под названием «Смерть гитлеровским палачам и их гнусным пособникам!»
В дальнейшем было решено привлекать к такого рода процессам не только предателей, но и оккупантов.