В первые дни войны начальник советской военной контрразведки А.Н. Михеев подал рапорт о командировании на фронт. После сдачи дел 3-го Управления НКО СССР во вновь организованное в центре Управление особых отделов НКВД СССР в июле 1941 г. Михеев выехал на Юго-Западный фронт в качестве начальника Особого отдела, захватив с собой часть оперативных сотрудников аппарата. В их числе были его заместитель подполковник Н.А. Якунчиков, бывший начальник отдела капитан госбезопасности Ф.А. Петров, старший адъютант начальника ОО начальник отделения лейтенант госбезопасности И.Ф. Пятков, начальник информационного отделения И.М. Плесцов, новый сотрудник аппарата, выпускник Военно-политической академии, старший оперуполномоченный М.А. Белоусов и другие. Сам комиссар госбезопасности до войны служил начальником Особого отдела КОВО и хорошо знал местные условия.
Из Москвы чекисты прибыли в местечко Бровары, северо-восточнее Киева, где размещались штаб и Особый отдел фронта. А.Н. Михеев представился командующему фронтом генерал-полковнику М.П. Кирпоносу, члену Военного совета М.А. Бурмистенко и начальнику штаба генерал-лейтенанту М.А. Пуркаеву, доложил им о задачах особых отделов в связи с реформой, одновременно заверил командование, что оперативный состав будет им надежным помощником в решении всех неотложных задач в сложившейся военной обстановке. На совещании в Особом отделе фронта Михеев потребовал от личного состава соблюдения строжайшей дисциплины, определил место каждого оперработника отдела и обязал их вместе с командирами и политработниками вести неустанную работу по поддержанию высокого боевого и морального духа в войсках.
В тот же день вместе с адъютантом И.Ф. Пятковым, старшими оперуполномоченными М.А. Белоусовым и Г.Г. Горюшко Михеев выехал на передовую в расположение 147-й стрелковой дивизии полковника Потехина на левом фланге Киевского укрепрайона. Там существовала реальная угроза выхода немецких войск к Днепру.
Георгий Георгиевич Горюшко — человек атлетического сложения, сильный духом и, как говорят, «надежный во всех отношениях», в отличие от всех остальных, уже поучаствовал в открытом бою с фашистами.
24 июня 1941 г. он вместе с батальонным комиссаром А.П. Котовенко выезжал в командировку на Украину, в район Шепетовки, куда для подкрепления должны были прибывать войска 16-й армии Забайкальского фронта. В это время противник, развивая наступление на Луцк и Броды, крупными танковыми подразделениями наносил удары по нашим войскам. Некоторые из соединений советских войск попали в окружение. Во время следования к станции военные контрразведчики стали свидетелями того, как немецкие транспортные самолеты без всяких помех сбрасывали парашютистов-десантников на поляну у небольшого лесного массива. Горюшко остался наблюдать за дальнейшим развитием событий, а Котовенко отправился на «эмке» в Шепетовку за подмогой. Ему повезло, так как он столкнулся с вышедшими из окружения бойцами 90-го погранотряда. Вместе с их командиром старшим лейтенантом Коровиным они на машинах срочно прибыли на место. Горюшко, со «шмайсером» наперевес ожидавший товарища и бойцов, толково доложил обстановку. Как выяснилось, немецкий парашютист приземлился недалеко от контрразведчика и, пока гасил купол, без шума был им ликвидирован. Оказалось, что десантники приземлились некучно, и их сбор все еще продолжался, так как немцы двигались по направлению сигнальных ракет, выпущенных на опушке леса южнее села Плесна и развилки дорог, ведущих на Тарнополь и Староконстантинов. Через полчаса чекисты и воины-пограничники, разбившись на две группы, окружили место сбора немецких десантников и открыли огонь из пулеметов, автоматов и винтовок. Были уничтожены 16 парашютистов, а двое взяты в плен. Пленные сообщили, что после десантирования они разбились на четыре группы, имея задание проводить диверсии на железнодорожных путях, пересекающихся на станции Шепетовка, а также самостоятельно выбирать для нападений склады, мосты, автоколонны и линии связи.
На второй день после приезда Михеев со своими сотрудниками оказался на позиции одной из рот 147-й дивизии, которая после многочисленных атак противника насчитывала всего восемь человек. Опять отличился Горюшко, который во время боя связками гранат сумел поджечь два немецких танка.
Начальник Особого отдела фронта понимал, что рискованный выезд на передовую не мог быть одобрен командованием, поэтому попросил своих коллег не рассказывать об участии в бою и, по возможности, не отвечать на вопрос «зачем их понесло в окопы?». По свидетельству старшего оперуполномоченного М.А. Белоусова, Михеев при этом рассуждал так: «А нам это надо было. Особенно мне. Я лично хотел видеть в бою наших красноармейцев, быть с ними рядом и на себе ощутить психологическое состояние человека в момент фашистской атаки. Одновременно я хотел ознакомиться с условиями работы наших оперработников на передовой».
К концу июля продвижение немцев к Киеву значительно замедлилось, что свидетельствовало о повышении боеспособности советских войск. Разными путями в штабе фронта были получены конкретные данные о сроках захвата Киева, которые назывались немецким командованием. Михеев принял личное участие в допросе старшего офицера штаба группы армий «Юг« Хозера, сбитого во время перелета в штаб группы армий «Север». Важное значение для командования Юго-Западного фронта имели пометки немецкого штабного офицера на карте о направлениях ударов наступающих войск вермахта.
По заданию генерала Кирпоноса заместитель начальника Особого отдела фронта Петров и старший уполномоченный Горюшко с десантниками бригады полковника А.И. Родимцева приняли участие в разгроме немецкой группировки, прорвавшейся в пригород Киева, у хутора Совки. Чекисты личным примером помогли командирам поднять красноармейцев в атаку. В бою заместитель Михеева Петров был тяжело ранен. Его вынесли с поля боя. Горюшко мастерски бил по немцам из «максима», заменив убитого пулеметчика, все бойцы бригады проявляли чудеса героизма и самоотверженности. Группировка противника, прорвавшаяся в Совки, была уничтожена. Взятые в плен немцы утверждали, что в частях зачитывали приказ фюрера овладеть Киевом 10 августа, но он остался не выполненным.
В эти трудные дни по распоряжению Михеева весь оперативный состав Особого отдела фронта решал задачи, связанные с наведением порядка в прифронтовой полосе и с пополнением частей, несущих людские потери. Оперативные группы Особого отдела организовывали выходящих из окружения военнослужащих и военнообязанных в небольшие подразделения, по 40-60 человек, и немедленно направляли их на передовую. Такие же группы осуществляли поддержание порядка на переправах через Днепр в районе Киева и на железнодорожных станциях, в непосредственной близости от линии фронта. Следовало контролировать отправку эшелонов и транспорта с военнослужащими на передовую, а раненых, женщин, детей и стариков, по возможности, эвакуировать в тыл.
21 августа немцы начинают новое мощное наступление на правом фланге фронта и успешно его развивают. Штаб с Военным советом и Особым отделом Юго-Западного фронта перемещаются в Прилуки, но с 14 сентября, после соединения немецких танковых частей у станции Ромада, они оказываются в окружении. Из сотрудников Особого отдела и бойцов роты батальона охраны по указанию Михеева были образованы три боевые группы: первая — с задачей оставаться и действовать с Военным советом, вторая — остаться и действовать со штабом фронта, а третья — вспомогательная. Было принято решение отойти в район села Городище, переправиться через реку Многа и далее, по обстоятельствам, определить дальнейший маршрут.
19 сентября в селе Городище Военный совет принимает решение организовать отряд прорыва в составе взвода чекистов (командир — старший лейтенант госбезопасности Оксеня) и взвода красноармейцев комендантской роты штаба и пограничников (командир — майор Ширяев, пограничник). Весь отряд прорыва подчинили начальнику войск по охране тыла полковнику Рогатину. Бой с немецкими автоматчиками длился полтора часа и закончился выходом из окружения. Оба взвода переправились через реку Многа и соединились севернее села Мелехи.
С места соединения Рогатин отправил двух пограничников с донесением о том, что Военный совет фронта может следовать за отрядом прорыва из Городища через реку, а за тем в направлении райцентра Сенча. 26 сентября отряд, измотанный многочисленными стычками с немецкими заслонами и колоннами их войск, после переправы через реку Псел у хутора Млыны вышел в расположение 5-го кавалерийского корпуса. Вышедшие из окружения 18 чекистов прибыли к своим в военной форме, со знаками различия, с личными документами и с оружием, готовые выполнять новые задания.
По-другому сложилась судьба воинов и чекистов, остававшихся в Городище с Военным советом и штабом фронта. Колонна, состоящая из командования, сотрудников Особого отдела фронта, курсантов школы НКВД и бойцов охраны штаба, немедленно выбыла из Городища, но на переправах, из-за неисправности мостов через реку Многа, пошла несколько в сторону от маршрута, обозначенного группой прорыва. Командующий фронтом Кирпонос, по-видимому, надеялся, что два больших отряда под командованием генералов М.И. Потапова и И.Х. Баграмяна захватят мосты через реку Сула. Действительно, вскоре они догнали колонну штаба и тыловых подразделений 5-й армии во главе с новым командующим генералом Потаповым, после чего численность отряда достигла примерно 800 человек.
Рано утром 20 сентября, после короткого совещания, все укрылись на дневку в урочище Шумейково, расположенном около хутора Дрюковщина. До пункта следования Сенча оставалось 12 километров. К несчастью, скопление советских войск заметил немецкий самолет-разведчик, и через полтора часа урочище было окружено танками и пехотой противника. Немцы открыли шквальный пулеметный и артиллерийско-минометный огонь. По приказу М.П. Кирпоноса штабные командиры и чекисты Особого отдела срочно перегруппировались в отдельные подразделения для отражения атаки. Первыми повели в атаку свои подразделения адъютант Михеева И.Ф. Пятков, старший уполномоченный Г.Г. Горюшко, начальник Особого отдела 5-й армии капитан госбезопасности И.М. Белоцерковский, начальник штаба армии генерал Писаревский и другие штабные командиры. Почти все они погибли. Горюшко был сражен пулеметной очередью, а Пятков, раненый в живот, при угрозе пленения застрелился.
Из оврага урочища на прорыв бойцов водили в бой генералы М.П. Кирпонос, В.И. Тупиков, М.И. Потапов и другие, дивизионные комиссары Е.П. Рыков и Никишов, комиссар госбезопасности А.Н. Михеев. Начальник Особого отдела фронта был ранен в ногу, но, опираясь на палку, поднимал людей в атаку, лично участвовал в рукопашных схватках. К вечеру все стихло. Командующий фронтом Кирпонос и многие другие командиры штаба, политработники, особисты и красноармейцы погибли.
Ночью две небольшие группы, не теряя надежды на прорыв, выбрались из урочища. Отряд во главе с генералом Тупиковым пошел на север, попал в засаду, и генерал в перестрелке погиб. Группа, в которой находились Михеев, его заместитель Якунчиков, член Военного совета 5-й армии дивизионный комиссар Никишов, начальник особого отдела дивизии этой армии старший лейтенант госбезопасности А.А. Стороженко и три красноармейца из взвода охраны, отправилась в восточном направлении.
Утро 23 сентября застало их в двух километрах юго-западнее села Исаковцы Сенчанского района. Единогласно приняли решение дождаться вечера в копнах сена на поле. Однако через некоторое время появились немецкие танки. Они стали утюжить копны, из-под которых выбегали прятавшиеся там люди. Михеев с товарищами попытался укрыться в овраге у села Жданы, но почти у самого обрыва их настиг немецкий танк. Гранат у бойцов не было. Михеев, Якунчиков и Никишов погибли героями. По дошедшему до нас свидетельству, комиссар госбезопасности Анатолий Николаевич Михеев, даже мертвый, сжимал в руке маузер, в котором не оставалось ни одного патрона.
18 сентября 1976 г. на месте урочища Шумейково всем, кто мужественно сражался в окружении и погиб, был открыт памятный монумент.
Судьба выходивших из окружения не сразу стала известной, но те немногие, кому удалось выжить в жестоких сражениях, были отмечены командованием Юго-Западного фронта. Среди них оказались и военные контрразведчики, осуществлявшие прорыв из вражеского кольца вместе с Кирпоносом и Михеевым. 10 ноября 1941 г. газета Юго-Западного фронта «Красная Армия» опубликовала приказ по войскам маршала С.К. Тимошенко о награждении отличившихся в боях с немецко-фашистскими захватчиками. В их числе были названы 12 сотрудников Особого отдела НКВД фронта, проявившие мужество и смелость при выходе войск и особых отделов из окружения в сентябре 1941 г. Орденом Красного Знамени был награжден капитан госбезопасности И.И. Гончаров, орденом Красной Звезды — капитаны госбезопасности С.П. Булгаков и Б.В. Дубровин, старшие лейтенанты госбезопасности М.А. Белоусов, Я.Я. Иванов, А.П. Котовенко и М.П. Ткачев, медалью «За отвагу» — старшие лейтенанты госбезопасности М.А. Богданов и И.Я. Коноплянко, лейтенанты госбезопасности К.А. Семенов и Г.И. Якушев, а также вольнонаемная З.Н. Муратова.