Военное время обусловило принятие суровых законов. Положение на фронтах складывалось вначале не в пользу СССР. В связи с этим немецкая пропаганда имела определенные успехи. 4 декабря 1941 г. НКВД СССР направил в ГКО сведения, полученные из особых отделов Западного, Северо-Западного, Южного, Юго-Западного и Ленинградского фронтов, о переходах военнослужащих на сторону противника, а также данные о предотвращении таких попыток. Как видно из документа, за время с начала войны, по неполным данным, было совершено 102 групповых перехода общей численностью 1944 человека. Одновременно были пресечены намерения перехода на сторону врага 159 групп в составе 1874 военнослужащих и 2773 одиночных попытки совершить такого рода преступления. Кроме того, немецкие источники, опубликованные в 1978 г. по материалам групп армий «Север», «Центр» и «Юг», свидетельствуют, что в ходе боев с 9 июля по 16 ноября 1941 г. советские войска потеряли пленными 2 млн 465 тыс. человек. Этот контингент спецслужбы противника активно использовали в подрывной деятельности против Красной Армии. В первые два года войны тема дезертирства и измены Родине в форме перехода на сторону противника постоянно звучала в информации военной контрразведки и заградительных служб.
В директивах высших органов партии и правительства, в постановлениях Государственного Комитета Обороны, в приказах Ставки Верховного Главнокомандования Красной Армии и нормативных документах контрразведки остро ставился вопрос о пресечении дезертирства и случаев измены Родине, которые расценивались руководством страны в условиях войны как самые тяжкие преступления. Сдача в плен военнослужащих с оружием в руках рассматривалась как предательство.
3 июля 1941 г. в своем обращении по радио к населению СССР, бойцам армии и флота И.В. Сталин говорил о немедленном привлечении к суду военного трибунала, невзирая на лица, «всех тех, кто своим паникерством и трусостью мешают делу обороны». После неудач в боях с немецко-фашистскими захватчиками по обвинению в трусости, в бездействии, отсутствии распорядительности, развале управления войсками, сдаче военнослужащими оружия противнику без боя и за самовольное оставление боевых позиций были арестованы и расстреляны некоторые представители командного состава Западного, Северо-Западного и Южного фронтов. В их числе оказался и командующий Западным фронтом генерал армии Д.Г. Павлов, впоследствии реабилитированный. В специальном постановлении ГКО от 16 июля 1941 г. осужденные за неудачи в боях с немецкими войсками девять командиров указанных выше фронтов были названы паникерами и трусами, забывшими свой долг перед Родиной, грубо нарушившими приказы, превратившимися в «стадо баранов, в панике бегущих перед обнаглевшим противником». В приказе Ставки Верховного Главнокомандования Красной Армии № 270 от 16 августа 1941 г., который зачитывался во всех ротах, эскадронах, батареях, эскадрильях, командах и штабах, говорилось о стойкости и находчивости командиров, вышедших из окружения с оружием, а также о «позорных фактах сдачи в плен врагу». При этом отдельные члены военных советов армий, командиры, политработники и военные контрразведчики, названные в приказе «особотдельщиками», упрекались в том, что в условиях окружения проявляли растерянность, «позорную трусость» и не делали попыток предотвращения фактов сдачи военнослужащих в плен.
Согласно этому приказу трусы и дезертиры подлежали расстрелу на месте. От бойцов и командиров требовалось сражаться в бою до последней возможности. Командиры и комиссары дивизий наделялись правами смещения командиров батальонов и полков, понижения их в должности до рядовых, а при необходимости и применения расстрела на месте. Приказ Ставки подтверждал нормы ведомственных приказов, изданных до войны и с началом военных действий с фашистской Германией, которые предусматривали участие органов военной контрразведки в ведении следствия по делам военнослужащих и вольнонаемных Красной Армии, Военно-Морского Флота и войск НКВД СССР, обвинявшихся в измене Родине, а также членов их семей, которые лишались в связи с этими обвинениями пособий и другой помощи государства. Документ был подписан членами ГКО СССР И.В. Сталиным, В. М. Молотовым, маршалами Советского Союза С.М. Буденным, К.Е. Ворошиловым, С. К. Тимошенко и генералом армии Г. К. Жуковым.
К концу 1941 г. Управление особых отделов подвело некоторые итоги репрессий в отношении военнослужащих Красной Армии, которые в условиях войны были применены в соответствии с указанием высшего военнополитического руководства СССР. В докладной записке НКВД СССР в ГКО сообщалось: «С начала войны по 1 декабря 1941 г. особыми отделами НКВД арестовано 35 738 чел[овек], в том числе: шпионов — 2343, диверсантов — 669, изменников — 4647, трусов и паникеров — 3325, дезертиров — 13 887, распространителей провокационных слухов — 4295, самострельщиков — 2358, «за бандитизм и мародерство» — 4214. Расстреляно по приговорам — 14 473, из них перед строем — 411». В соответствии с действующими нормативными документами репрессии коснулись и членов семей военнослужащих. По данным НКВД СССР, с момента Постановления ГКО от 17 июля 1941 г. по 10 августа 1942 г. к ответственности было привлечено 2688 семей изменников Родине, из них осуждены — 1292 человека.
Безусловно, с учетом экстремальности событий, когда речь шла о жизни и смерти страны, суровые меры властей и военного командования в отношении предателей,дезертиров, паникеров, членовредителей и граждан, уклонявшихся от выполнения своего священного долга, можно считать оправданными. Вместе с тем следует отметить, что конкретные обвинения военных и других лиц в предательстве или трусости подчас были несправедливы и распространялись на тех, кто честно выполнял свой долг, но из-за сложившейся ситуации нередко становился заложником объективных обстоятельств. Так, арестованный генерал армии Д.Г. Павлов на предложение следователя 3-го Управления НКО СССР приступить к показаниям о своей «предательской деятельности» заявил: «Я не предатель. Поражение войск, которыми я командовал, произошло по не зависящим от меня причинам. Я не изменник, злого умысла в моих действиях, как командующего фронтом, не было. Я также не виновен в том, что противнику удалось глубоко вклиниться на нашу территорию».
27 декабря 1941 г. И.В. Сталин подписал постановление ГКО СССР о государственной проверке (фильтрации) военнослужащих Красной Армии, бывших в плену или в окружении войск противника. Такая же процедура, и даже более строгая, осуществлялась и в отношении оперативного состава органов госбезопасности. В пределах армейского тыла наркоматом обороны создавались сборно-пересыльные пункты, на которые направлялись все военнослужащие, задержанные на освобожденных от противника территориях. Проверка осуществлялась оперативными сотрудниками особых отделов при специальных лагерях в Вологодской, Ивановской, Тамбовской и Сталинградской областях. К марту 1942 г. функционировало 19 спецлагерей. В их задачу входила фильтрация военнослужащих, которая предусматривала выявление среди них изменников, шпионов и дезертиров, а также нескомпрометированных лиц, пригодных к дальнейшей службе в рядах Красной Армии и органах госбезопасности. По состоянию на 23 февраля 1942 г., особыми отделами в спецлагерях было проверено 128 тыс. 132 человека.
Руководство НКВД СССР и в дальнейшем неоднократно указывало начальникам особых отделов фронтов на важность жесткого контроля и тщательной проверки документов у всех лиц, передвигавшихся во фронтовой и прифронтовой полосе, на необходимость проведения кратких устных опросов задержанных и их тщательной фильтрации.
Такие меры были обусловлены постоянной активностью немецкой военной разведки, снабжавшей свою агентуру и диверсантов фиктивными документами, с использованием образцов, захваченных в период наступления у военнопленных и убитых военнослужащих, а также у населения временно оккупированных областей.
На основании данных особых отделов Действующей армии, а также информации, полученной от захваченной или перевербованной немецкой агентуры, Управление особых отделов НКВД СССР (наиболее интенсивно с 1942 г.) готовило и рассылало по подразделениям органов госбезопасности в виде ориентировок списки установленной агентуры противника, тайно переброшенной немецкой разведкой через линию фронта с разведывательно-диверсионными заданиями и поручениями о ведении пораженческой агитации. При аресте указанных в списках агентов германской разведки все контрразведывательные подразделения, включая войска по охране тыла Действующей армии, обязаны были информировать об этом Управление особых отделов НКВД СССР.