В связи с началом войны во все военные округа и в 3-й отдел Дальневосточного фронта пошла директива 3-го Управления НКО СССР № 34794, которая предписывала третьим подразделениям частей и соединений, направлявшимся в районы военных действий, активизировать оперативно-розыскную работу. Перед армейскими чекистами были поставлены следующие задачи: выявление агентуры противника, нацеленной на акции шпионажа, террора и диверсий, предотвращение утечки секретных сведений из штабов и узлов связи в армии, предупреждение случаев перехода на сторону врага и дезертирства, борьба с распространением листовок противника, провокационных и панических слухов. Каждый оперативный работник в армейской среде обязан был быстро, четко и неуклонно выполнять поставленные перед ним задачи, а начальники особорганов — немедленно информировать обо всех недочетах командование и с его помощью исправлять положение. В директиве содержалось указание об упорядочении и упрощении ведения оперативных дел, причем в Действующей армии военные контрразведчики должны были на отдельных из них делать отметку «фронтовое».
Армейским чекистам снова, теперь уже в боевой обстановке, приходилось перестраивать свою деятельность. 27 июня 1941 г. в третьи отделы военных округов, фронтов, армий и третьи отделения дивизий срочно была направлена директива № 35523 о работе военной контрразведки НКО СССР в частях Красной Армии, действующих на фронте, в ее тылу, по охране военных объектов, по борьбе с дезертирством и о деятельности на территории противника. Согласно директиве оперативные работники военной контрразведки всех уровней должны были находиться как при штабе действующей части, так и в первых эшелонах при командных пунктах, причем место оперработников обусловливалось складывавшейся военной обстановкой. Они обязаны были все время быть в курсе планов командования. В их обязанность входило информирование командования по всем выявленным недочетам в армейских подраз-делениях во время подготовки к маршу или в процессе движения, при подготовке к атаке и в период самого боя. Важнейшей задачей особистов было сохранение секретности военных операций и замыслов командования.
Органы 3-го Управления наделялись правами ведения дознания, расследования и следствия по всем фактам преступной деятельности военнослужащих и лиц из числа гражданского окружения по делам, связанным с военнослужащими. С санкции вышестоящего начальника и командования начальник органа 3-го Управления имел право ареста военнослужащих всех степеней, например, лиц среднего начсостава - с санкции Военного совета армии или фронта, старшего и высшего начсостава — с санкции народного комиссара обороны.
Охрана тыла Действующей армии в основном сводилась к обслуживанию военных дорог и всех видов транспорта. В этих целях по особому указанию создавались 3-и отделения дорог для контроля транспорта, военных грузов (особенно боеприпасов), которые направлялись к линии фронта. Войсковые склады и ремонтные базы обслуживали специально выделенные оперативные сотрудники военной контрразведки.
Для борьбы с дезертирством на дорогах, железнодорожных узлах и для прочесывания с этой целью лесов создавались подвижные заградительные отряды из военнослужащих, куда включались оперативные работники органов 3-го Управления. Они имели право задержания и предварительного расследования в срок от одного до двух дней с дальнейшей передачей задержанных по подсудности.
Директива №35523 не предусматривала ведения активной зафронтовой работы на территории, занятой противником. Предусматривалась только возможность деятельности зафронтовой агентуры на глубину до 100 км от линии фронта, что должно было быть согласовано с соответствующими органами военной разведки НКО СССР.
В это время продолжалась частичная реорганизация третьих отделов особых военных округов и армий. Комплектовались контрразведывательные отделения в составе трех групп: с функциями борьбы со шпионажем, националистическими и другими антисоветскими организациями и группами, а также с антисоветскими элементами. Контрразведывательные отделения создавались при третьих отделах армий и фронтов.
9 июля 1941 г. 3-е Управление НКО СССР направляет в отделы фронтов и армий директиву о введении табеля срочных донесений на военное время, согласно которому предусматривался бесперебойный обмен информацией между органами военной контрразведки. В документе, в зависимости от характера и содержания донесений, подробно расписывались сроки предоставления информации: от самых срочных (немедленно, к 23 часам ежедневно и т.д.) до двух раз в месяц, способы донесений, а также адресаты, необходимые в тех или иных случаях и ситуациях.
В связи с военной обстановкой начальник 3-го Управления НКО СССР А.Н. Михеев специальным приказом наркома обороны СССР был наделен правом производить все перемещения и назначения личного состава центральных и периферийных органов вплоть до заместителей начальников третьих отделов округов и фронтов и допускать к исполнению обязанностей ранее утвержденных в должностях начальников этих отделов.
Развитие событий потребовало от советской военной контрразведки обратить самое пристальное внимание на охрану аэродромов и службу противовоздушной обороны. По тревожным донесениям из штаба Западного фронта можно было понять, что противник располагает довольно точными данными о дислокации аэродромов, сведениями о происходящих на них изменениях, в том числе об отсутствии или наличии на них самолетов-истребителей. Такая информация позволяла немецким ВВС проводить успешные бомбардировки советских аэродромов и складов. 10 июля 1941 г. А.Н. Михеев подписывает две срочные директивы об усилении их охраны. В числе прочих мер предусматривалось круглосуточное дежурство оперативного состава третьих отделов, организация ими личного наблюдения на аэродромах и аэроузлах, на пунктах и в частях ПВО, усиленное внимание к гражданскому окружению на важнейших для армии объектах. В ряде случаев предусматривалось личное вмешательство оперативных работников при обнаружении сигнальщиков, проникновении на объекты посторонних и подозрительных лиц, а также срочное информирование командования по фактам скученности и несвоевременной заправки самолетов на аэродромах и посадочных площадках, ухода личного состава от своих машин и о других недочетах.
В соответствии с постановлением ГКО СССР совместным приказом наркомов обороны и Военно-Морского Флота от 13 июля в системе третьих управлений были созданы отделения военной цензуры, которые получали полномочия осуществлять гласный политический контроль за всей воинской корреспонденцией в Красной Армии и Военно-Морском Флоте СССР. Согласно утвержденному положению часть корреспонденции, содержащая военную тайну и сведения, не подлежавшие оглашению, могла быть конфискована, а такого рода тексты, не носившие злонамеренного и враждебного характера, могли зачеркиваться или вырезаться. На письмах при направлении их адресатам ставился штамп «Просмотрено военной цензурой». Отделения военной цензуры в Действующей армии находились при штабах, а на территориях в тылу советских войск - в служебных помещениях Наркомата связи при военно-сортировочных пунктах, военно-почтовых базах, отделениях и станциях флота. Однако уже в августе 1941 г. в связи с реорганизацией отделения военной цензуры при военно-почтовых базах были переданы в ведение 2-го спецотдела НКВД СССР, а оперативное руководство этими структурами осталось за особыми отделами округов, фронтов и армий.
В начальный период войны продолжался поиск наиболее эффективных форм организации работы военной контрразведки. После образования по Постановлению ГКО СССР от 10 июля 1941 г. аппаратов главнокомандующих Северо-Западного, Западного и Юго-Западного направлений для обеспечения главкомов действенной и своевременной информацией о состоянии подчиненных им войск всех пяти фронтов совместным приказом по третьим управлениям НКО СССР и НКВМФ от 15 июля при ставках главкомов создавались соответствующие третьи отделы. По замыслу наркомов обороны и флота, такая реорганизация позволяла третьим отделам фронтов, флотов и флотилий оперативно информировать главкомов К. Е. Ворошилова, С.К. Тимошенко и С.М. Буденного обо всех имеющихся материалах контрразведки и выполнять их указания.
Однако эти меры не устроили руководство страны. Им был поставлен вопрос о необходимости централизации в обеспечении государственной безопасности государства и его Вооруженных Сил. Новая реорганизация началась с органов военной контрразведки. 17 июля 1941 г. И.В. Сталин подписал постановление ГКО СССР «О преобразовании органов 3-го Управления НКО СССР в особые отделы НКВД СССР». В центре было создано Управление особых отделов (УОО) Наркомата внутренних дел во главе с заместителем наркома внутренних дел, комиссаром госбезопасности III ранга В.С. Абакумовым, а на местах особые отделы (ОО) НКВД фронтов, округов, армий, корпусов, дивизий и гарнизонов укрепленных районов. Одновременно начальники особых отделов дивизий и уполномоченные особых отделов в полках подчинялись военным комиссарам. Бывший начальник 3-го Управления НКО СССР А.Н. Михеев в звании комиссара госбезопасности III ранга был назначен на должность начальника ОО НКВД Юго-Западного фронта.
Согласно постановлению ГКО, в числе главных задач военной контрразведки были названы борьба со шпионажем и предательством в частях Красной Армии, ликвидация дезертирства в прифронтовой полосе. На следующий день в приказе по НКВД СССР Л.П. Берия уточнил, что смысл преобразования состоит в том, чтобы «повести беспощадную борьбу со шпионами, предателями, диверсантами, дезертирами и всякого рода паникерами и дезорганизаторами». Постановление ГКО наделяло особые отделы НКВД правами производства арестов дезертиров, а в необходимых случаях, как было сказано, и расстрела их на месте. Постановление ГКО наделяло особые отделы НКВД правами производства арестов дезертиров, а в необходимых случаях, как было сказано, и расстрела их на месте.
В прифронтовой полосе в распоряжение особых отделов передавались вооруженные отряды из числа войск НКВД. Руководство этими войсками обязывалось в двухдневный срок представить расчет численности войск и вооружений, выделенных для военной контрразведки. Было принято решение практически за неделю, точнее до 25 июля 1941 г., укомплектовать указанные части из личного состава войск НКВД по охране тыла Действующей армии и передать их в подчинение начальников особых отделов. При особых отделах фронтов формировались стрелковые батальоны, при особых отделах армий — роты, при особых отделах дивизий и корпусов — взводы.
Боевая обстановка потребовала повышения эффективности заградительной службы. Месячный опыт борьбы с агентурой немецкой разведки показал, что противник активно использует бывших военнослужащих Красной Армии, которые под видом побега из плена направлялись для «внедрения» в советские войска. Военные контрразведчики выявляли лиц, которые имели задания не только шпионско-диверсионного характера, но и ведения пораженческой агитации, распространения провокационных слухов, склонения военнослужащих РККА к переходу на сторону врага и сдаче в плен.
Директива УОО НКВД СССР от 28 июля 1941 г. обращала внимание начальников особых отделов фронтов и округов на недостатки организации и деятельности заградительных отрядов, особенно при обязательной проверке всех без исключения военнослужащих, которые неорганизованно пробирались с линии фронта в прифронтовую полосу, попадали в другие части, предъявляли документы, вызывавшие подозрения, которые, как выяснялось впоследствии, готовились германской разведкой. Были установлены факты поверхностных проверок такого рода военнослужащих, которые подчас проводились не оперативным составом контрразведки, а военными. В связи с этим директива указывала, что все без исключения опросы задержанных заградотрядами или выявленных в частях подозрительных лиц должны проводиться только оперативниками особых отделов.
Документы свидетельствуют, что к выполнению задач по борьбе со шпионами, дезертирами и паникерами, обозначенными в постановлении ГКО от 17 июля 1941 г. и в приказах НКВД СССР, фронтовые контрразведчики приступили немедленно. Так, Особый отдел НКВД Северо-Западного фронта 22 июля подготовил соответствующую директиву и подробную инструкцию для особых отделов дивизий, корпусов и армий, а Особый отдел НКВД Северного фронта — спецсообщение от 31 июля. В последнем, в частности, отмечалось, что реорганизация увеличила авторитет особых отделов, а работа в прифронтовой полосе стала координироваться с территориальными органами НКВД.
20 июля 1941 г. было принято решение об объединении НКВД и НКГБ в единый Народный комиссариат внутренних дел СССР во главе с Л.П. Берия. Это решение объяснялось «переходом от мирного времени на военные условия работы». Указ Президиума Верховного Совета СССР был опубликован в «Правде» на следующий день. Реорганизация 3-го Управления НКВМФ СССР была оформлена постановлением ГКО СССР от 10 января 1942 г., согласно которому его функции были переданы соответствующему подразделению Управления особых отделов НКВД СССР.
Штаты центрального аппарата УОО НКВД СССР были утверждены 15 августа 1941 г. и дополнительно 24 января 1942 г. Руководство по оперативному обслуживанию основных родов войск было сосредоточено в 4-м отделе, войск НКВД — в 6-м отделе, ВВС — во 2-м отделе, а ВМФ — в 9-м отделе Управления.
Летом 1942 г. в структуре УОО НКВД проводились некоторые изменения, уточнялись объекты оперативного обслуживания и давались указания по характеру информации, поступающей из особых отделов.
При Высшей школе НКВД СССР уже с 26 июля 1941 г. начали функционировать курсы подготовки оперативных работников для особых отделов численностью 850 человек. За годы войны для Действующей армии было подготовлено 2417 чекистов. По мере необходимости курсы краткосрочного обучения создавались и на местах. Процесс концентрации всех разведывательных и контрразведывательных подразделений органов госбезопасности в течение года был завершен.