К началу Великой Отечественной войны Военно-Морской Флот СССР в составе Северного, Балтийского, Черноморского, Тихоокеанского флотов, Пинской, Каспийской, Дунайской и Амурской флотилий представлял собой внушительную силу. На тот момент в боевом строю находились 3 линкора, 7 крейсеров, 44 лидера и эскадренных миноносца, 24 сторожевых корабля, 130 подводных лодок и более 200 кораблей различных классов (канонерок, мониторов, торпедных катеров и др.). Морская авиация насчитывала 1433 самолета.
С конца июня 1941 г. начался прием и вооружение судов гражданских ведомств. В августе того же года в ВМФ были призваны и дооборудованы 791 гражданское судно, 251 корабль погранохраны, сформировано 228 батарей береговой обороны, три бронепоезда, 218 зенитных батарей. Срочно создавались новые военно-морские базы, посты службы наблюдения и связи, тыловые части.
Отечественный военный флот всегда находился под пристальным вниманием иностранных военных штабов и спецслужб. Что касается немецкой военно-морской разведки, то она руководствовалась основными установками политической и военной стратегии Германии, определявшими целевое назначение и стратегическое применение германского военно-морского флота.
Немцы отлично понимали, что, владея объективной и полноценной оперативной информацией о флоте СССР, можно перспективно планировать свои военно-морские операции, организацию морских перевозок на Балтике и Черном море. Все усилия немецкой разведки и ее лучшие кадры концентрировались на получении достоверных сведений о военно-морском потенциале нашей страны. Не случайно с началом войны главный удар был направлен против основных советских флотов — Краснознаменного Балтийского (КБФ) и Черноморского (ЧФ), которые и по своему боевому составу, и по удельному весу играли основную роль в системе ВМФ. На подрыв их мощи были направлены устремления германской разведки и разведок Румынии и Финляндии, воевавших против СССР.
Контрразведывательную работу на советском флоте в первые месяцы войны вели органы 3-го Управления НКВМФ, созданного Постановлением ЦК ВКП(б) и СНК СССР от 8 февраля 1941 г. Этим постановлением на них возлагались следующие задачи: борьба с контрреволюцией, шпионажем, диверсией, террором и всевозможными антисоветскими проявлениями в Военно-Морском Флоте и его гражданском окружении; выявление и информирование командования частей и соединений ВМФ о всех недочетах на кораблях и в частях флота и о всех компрометирующих материалах и сведениях, имеющихся на военнослужащих Военно-Морского Флота.
С учетом ведения боевых действий на фронтах и обстановки происходили организационно-структурные изменения в системе отечественной военно-морской контрразведки. Постановлением ГКО от 10 января 1942 г. органы 3-го Управления НКВМФ были преобразованы в особые отделы. В центре был создан 9-й отдел Управления особых отделов НКВД СССР, а в подразделениях флота — особые отделы НКВД СССР флотов, флотилий, военно-морских баз и эскадр. Особые отделы флотов и флотилий подчинялись УОО НКВД СССР; морских баз, эскадр, береговой охраны, военно-морских учебных заведений — ОО НКВД флота-флотилии и комиссару соединения; уполномоченные особого отдела на кораблях — ОО соединения и комиссару корабля.
Период июня 1941 г. — начала 1943 г. являлся самым тяжелым в оперативно-боевой деятельности флотских чекистов.
В первые месяцы войны особо ощутимые потери понесли контрразведчики Балтийского флота. Десятки оперативных сотрудников погибли при обороне военно-морских баз Лиепаи, Риги, Таллина. В августе 1941 г., во время печально известного таллинского перехода в районе острова Гогланд, немецкой авиацией был потоплен транспорт, на котором в Кронштадт эвакуировалась основная часть сотрудников Особого отдела Краснознаменного Балтийского флота. Практически никто из экипажа и пассажиров не уцелел. Такая же ситуация сложилась и на Черноморском флоте. Большое число сотрудников погибло или попало в плен при ведении боевых действий кораблями и соединениями Дунайской, Днепровской и Пинской флотилий.
Невосполнимые потери, нехватка оперативных работников не могли не сказаться на работе флотских контрразведчиков. В этой ситуации, с учетом временных неудач нашей армии, флотские чекисты сосредоточили свою деятельность на двух основных направлениях: выявлении агентуры противника и борьбе с дезертирами, трусами и паникерами. При этом контрразведчики исходили из того, что в начальный период войны немецкие спецслужбы вербовали пленных советских военнослужащих простыми методами, «накоротке», зачастую прямо на передовой. Те, кто давал согласие на сотрудничество с германской разведкой, сразу же, после кратковременного инструктажа, перебрасывались через линию фронта в расположение частей Красной Армии и Военно-Морского Флота. Результаты «работы» таких агентов были недостаточно эффективны, так как многие из них сразу же сдавалась добровольно, даже не приступив к выполнению задания, других задерживали после перехода линии фронта. Так, утром 25 августа 1941 г. красноармеец одной из воинских частей, оборонявшей Таллин, сдался в плен гитлеровцам. На допросе он сообщил немецким офицерам известные ему сведения об организации обороны города. Сразу же после допроса 25 августа «новоиспеченный» агент был переброшен в расположение морской бригады Балтфлота. Уже утром 26 августа его арестовала советская контрразведка.
К концу 1942 г., когда стал очевидным провал плана молниеносной войны, немецкая разведка перешла к более тщательному отбору и подготовке своих агентов. В частности, германская морская разведка в агентурной работе против ВМФ СССР в основном старалась опираться на военнопленных моряков-специалистов, хорошо знавших объекты разведки и морские театры.
К 1943 г. противнику удалось достичь определенных успехов в подготовке таких кадров разведчиков. В этих целях немцы использовали целую сеть специальных разведшкол, созданных как в Германии, так и на оккупированной советской территории, особенно в Прибалтике. Все это не могло не усложнить деятельность органов контрразведки ВМФ.
В числе важнейших направлений деятельности флотских контрразведчиков в начальный период войны было укрепление боеспособности частей и кораблей ВМФ, борьба с проявлениями дезертирства, трусости и паникерства среди личного состава.
Работа на этом участке строилась по трем направлениям: информирование командования о недочетах и недостатках в дисциплине, оперативная работа по обнаружению негативных явлений и организация заградительных мероприятий по предупреждению побегов военнослужащих.
Основная тяжесть борьбы с дезертирством легла на заградительные отряды. С учетом сложившейся обстановки на фронтах заградительными отрядами применялись самые жесткие меры к бежавшим с поля боя, вплоть до расстрела перед строем или предания их суду военного трибунала. В последующие периоды Великой Отечественной войны в силу происшедшего изменения характера боевых действий, перехода Красной Армии от обороны к наступлению, а также проведенных по линии Государственного Комитета Обороны мероприятий по укреплению дисциплины в Красной Армии и Военно-Морском Флоте борьба с дезертирами, трусами и паникерами уже не носила такого острого характера.
В 1943 г. стратегическая инициатива окончательно перешла к Красной Армии, которая провела ряд наступательных операций и освободила от врага оккупированные территории, в том числе приморские города и военноморские базы. В результате значительно расширились возможности советской контрразведки, особенно за линией фронта. Новая обстановка и возросшие оперативные задачи выявили необходимость ее перестройки, которая коснулась и органов военно-морской контрразведки.
В соответствии с Постановлением СНК СССР от 19 апреля 1943 г. 9-й (морской) отдел УОО НКВД СССР по обслуживанию ВоенноМорского Флота передавался в подчинение Народного комиссариата ВМФ СССР. На основе этого отдела в наркомате сформировалось Управление контрразведки «Смерш».
Положением об УКР «Смерш» НКВМФ и его органах на местах, утвержденным Постановлением ГКО № 3461 сс/ов от 31 мая 1943 г., на флотскую контрразведку возлагались следующие задачи: борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведок, а также с антисоветскими элементами, проникшими в Военно-Морской Флот, принятие необходимых мер, исключающих возможность безнаказанного проникновения агентуры противника и антисоветских элементов на флот, борьба с предательством и изменой Родине в частях, соединениях и учреждениях ВМФ, с дезертирством и членовредительством.
Этим же положением подразделения «Смерш» НКВМФ освобождались от проведения всякой другой работы, не связанной с выполнением перечисленных выше контрразведывательных задач.
Отделы «Смерш» флота были созданы как централизованная организация, с подчинением только своим вышестоящим органам. Начальник УКР «Смерш», назначенный приказом наркома ВМФ от 3 июня 1943 г. № 00154 комиссар госбезопасности П.А. Гладков, подчинялся непосредственно народному комиссару Военно-Морского Флота и выполнял только его распоряжения.
В соответствии с положением флотские подразделения «Смерш» комплектовались за счет оперсостава бывшего 9-го отдела УОО НКВД СССР и спецотбора военнослужащих из числа командного и политического состава ВМФ, которым присваивались воинские звания, установленные в Военно-Морском Флоте. Сотрудники УКР «Смерш» НКВМФ экипировались в форму одежды, определенную для соответствующих родов войск ВМФ.
Относительно взаимодействия с другими спецслужбами в положении о морском «Смерше» говорилось, что по мере необходимости в своей работе он поддерживает тесные контакты с соответствующими органами НКГБ СССР, НКВД СССР, ГУКР «Смерш» НКО СССР, разведывательными управлениями Генерального штаба Красной Армии и НКВМФ, обменивается с ними информацией и ориентировками.
Структурно аппарат УКР «Смерш» НКВМФ состоял из четырех отделов, следственной части, отделений шифросвязи, оперативной техники и других вспомогательных подразделений.
Для реализации основных задач, поставленных перед флотской контрразведкой, требовалось наличие профессионально подготовленных, грамотных и инициативных сотрудников. Руководство УКР «Смерш» флота при поддержке командования НКВМФ предпринимало немало усилий, чтобы подразделения контрразведки комплектовались надежными, умными и образованными офицерами. Действовавшие ранее курсы подготовки и переподготовки оперсостава уже не в полной мере отвечали реалиям, в которых приходилось работать контрразведчикам. Для подготовки оперативного состава органов контрразведки «Смерш» НКВМФ приказами наркома Н.Г. Кузнецова от 9 и 15 февраля 1944 г. с 1 марта того же года открывалась Высшая школа контрразведки ВМФ по подготовке и переподготовке офицерского состава, с годичным сроком обучения. Фактически она начала функционировать с 15 мая 1944 г., поэтому эта дата отмечается как день Высшей школы контрразведки «Смерш» ВМФ.
Кандидаты на обучение в школе должны были иметь законченное среднее образование, возраст не моложе 20 и не старше 35 лет, состоять в рядах ВКП(б) или ВЛКСМ, а по состоянию здоровья — быть пригодными для оперативной работы.
В целях улучшения качества учебной работы в сентябре 1944 г. создается учебный совет ВШК, который наряду с совершенствованием чисто учебного процесса занимался изучением современного опыта контрразведывательной работы и его внедрением в учебные программы.
Для поднятия общеобразовательного уровня и деловой квалификации оперсостава приказом начальника УКР «Смерш» НКВМФ с октября 1944 г. вводилось обязательное изучение оперативными работниками иностранных языков. При этом учебные группы укомплектовывались по тем иностранным языкам, изучение которых было наиболее целесообразным для данного флота или флотилии.
Одновременно не прекращали свою деятельность и курсы подготовки оперативного состава отделов контрразведки «Смерш» всех флотов ВМФ СССР. Их комплектование находилось под личным контролем Н.Г. Кузнецова.