На рубеже 40-х годов резко обострилась военно-политическая обстановка на западных границах нашего государства.
С весны 1941 года началась регулярная засылка на территорию СССР германских войсковых разведгрупп, как правило одетых в форму военнослужащих Красной Армии. Возглавляли их опытные офицеры абвера. Группы были хорошо экипированы, имели передовое на тот момент шпионско-диверсионное снаряжение. Отдельные шпионы и диверсанты, которым удавалось перейти границу, оседали вблизи воинских частей, устраивались на работу в военные учреждения. Подыскивали и вербовали себе пособников. Так стали формироваться вражеские резидентуры, основной целью которых были части Красной Армии.
Военные контрразведчики вступили с ними в борьбу. 5 апреля 1941 года при операции по захвату в Риге германской резидентуры, под руководством латышского националиста Луксиса, погиб военный чекист Реваз Герасимович Боголюбов, рекомендованный в военную контрразведку ЦК комсомола Грузии. Он одним из первых ворвался в дом, где засели шпионы. Враг встретил группу Р. Г. Боголюбова яростным огнем. В завязавшейся перестрелке Р. Г. Боголюбов обезвредил одного шпиона, потом другого, но сам получил два тяжелых ранения, от которых вскоре скончался. В ходе операции контрразведчики захватили агентов абвера с радиоаппаратурой и шифрдокументами.
Общее количество выявленной немецко-фашистской агентуры в 1940 году увеличилось по сравнению с 1939 годом почти в четыре раза.
Обстановка требовала серьезного реформирования структур государственной безопасности. В феврале 1941 года из НКВД было выделено Главное управление госбезопасности (ГУГБ) и преобразовано в самостоятельный Наркомат госбезопасности (НКГБ). Военная контрразведка (особые отделы) была выделена из общей системы органов безопасности и передана в наркоматы обороны и Военно-морского флота. Взамен ликвидированного Особого отдела ГУГБ НКВД были образованы 3-и управления НКО и НКВМФ, подчинявшиеся непосредственно своим наркомам. В НКВД был образован свой 3 отдел с функциями контрразведывательного обеспечения пограничных и внутренних войск НКВД, подчиненный напрямую Л. П. Берии.
3-е Управление НКО СССР возглавил комиссар госбезопасности 3-го ранга А. Н. Михеев.
Анатолий Николаевич Михеев родился 3 июня 1911 года в Архангельской области, в небольшом городке Кемь (в настоящее время — Республика Карелия). После окончания в 1931 году Военно-инженерной школы ЛВО командовал взводом. Благодаря хорошим деловым качествам карьера молодого военного развивалась стремительно.
В конце 1935 года А. Н. Михеев поступил в Военно-инженерную академию имени Куйбышева, а на четвертом курсе, в звании капитана госбезопасности, был назначен начальником Особого отдела ГУГБ НКВД в Орловском районе. Через полгода Анатолий Николаевич в звании майора госбезопасности был назначен начальником Особого отдела НКВД СССР Киевского особого военного округа, где вел борьбу с украинскими националистами. За особые успехи был удостоен ордена Красной Звезды.
В августе 1940 года А. Н. Михеев был переведен в центральный аппарат ГУГБ НКВД СССР на должность начальника Особого отдела. Именно ему пришлось решать сложные организационные задачи по передаче военной контрразведки в состав Наркомата обороны.