Войну Николай Григорьевич Кравченко встретил в звании старшего лейтенанта госбезопасности, начальником отделения Особого отдела НКВД Одесского военного округа. В 1943 году — подполковник, помощник начальника Управления контрразведки «СМЕРШ» Брянского фронта.
Высокие деловые и личные качества Н. Г. Кравченко, а также ряд блестяще проведенных под его руководством в боевых условиях контрразведывательных операций послужили основанием для командирования его в Тегеран для обеспечения безопасности встречи лидеров трех великих держав — И. В. Сталина, Ф. Рузвельта и У. Черчилля. К этому времени от советской резидентуры в Иране, возглавлявшейся легендарным разведчиком Иваном Ивановичем Агаянцем, были получены достоверные данные о подготовке германскими спецслужбами операции «Длинный прыжок» — захвата или физической ликвидации глав стран антигитлеровской коалиции.
На Николая Григорьевича возлагались задачи координации деятельности служб безопасности И. В. Сталина, Ф. Рузвельта и У. Черчилля, специально сформированного 131-го полка НКВД, расквартированных в Тегеране частей Красной Армии и антитеррористической группы «Амир» под руководством Георга Вартаняна.
За 12 дней до начала работы конференции в предместьях Тегерана был захвачен десант из шести диверсантов, удалось выследить и нейтрализовать на конспиративной вилле группу террористов — агентов абвера.
Об этих событиях в 1980 году был снят прекрасный художественный фильм «Тегеран‑43».
1 декабря, в заключительный день конференции, Ф. Рузвельт и У. Черчилль попросили И. В. Сталина представить им человека, который сумел безукоризненно обеспечить безопасность их работы в Тегеране. И. В. Сталин вызвал подполковника Н. Г. Кравченко — рослого, атлетически сложенного. Рузвельт, не скрывая своего восхищения русским богатырем, заметил, что перед ними настоящий генерал. И. В. Сталин подтвердил — перед ними на самом деле генерал-майор Н. Г. Кравченко. И действительно, 21 февраля 1944 года Н. Г. Кравченко было присвоено звание генерал-майора, минуя звание полковника.
С октября 1945 по февраль 1946 года Н. Г. Кравченко возглавлял Управление контрразведки «СМЕРШ» особого военного округа Кёнигсберг. Из Кёнигсберга его перевели в Москву. Затем четыре года он был заместителем начальника Управления контрразведки МГБ СССР по Группе советских окупационных войск в Германии. Закончил службу Николай Григорьевич в августе 1959 года начальником Особого отдела КГБ при СМ СССР Прикарпатского военного округа. Умер 14 апреля 1977 года. Захоронен в Калининграде.