Объединенная группировка федеральных войск на Северном Кавказе на момент начала событий насчитывала 23 800 человек личного состава, прибывшего из семи военных округов, трех флотов и частей центрального подчинения. Вместе с войсками прибывали и сотрудники военной контрразведки. Была создана Оперативная группа ФСК России, на которую возлагались общее руководство и координация деятельности всех участвовавших в операции органов безопасности.
Только в 1994–1996 годах было выявлено около 100 укрытий боевиков, в горных районах обнаружены три базы для ведения «партизанской войны», склады с оружием, боеприпасами и продовольствием. Были добыты сведения о местах расположения засад, минировании коммуникаций, важные документы НВФ, изучение которых позволило предотвратить ряд терактов.
Только в 1995 году за мужество и героизм 412 военных контрразведчиков были награждены орденами и медалями.
Пять военных контрразведчиков были посмертно награждены орденом Мужества.
25 февраля 1995 года в ходе операции по освобождению федеральными войсками города Грозного старший оперуполномоченный майор Григорий Михайлович Медведев находился вместе с подразделениями внутренних войск, действовавшими в районе населенного пункта Алды. При передвижении по городу в составе подразделения попал в зону подрыва мощного взрывного устройства и погиб.
28 апреля 1995 года старший оперуполномоченный майор Владимир Александрович Кольцов выехал в Грозный для выполнения специального задания. В пути следования ЗИЛ‑131 попал в засаду. Майор В. А. Кольцов вместе с военнослужащими срочной службы грамотно организовал отражение нападения. Завязался неравный, ожесточенный бой. Военный контрразведчик получил тяжелое ранение, но продолжал вести огонь по наседающим боевикам. Когда кончились патроны, истекающий кровью офицер был захвачен бандитами, а затем расстрелян.
16 апреля 1996 года в составе колонны мотострелкового полка старший оперуполномоченный капитан Александр Кимович Лахин следовал из района боевых действий в базовый лагерь. В районе поселка Ярышмарды колонна попала в засаду боевиков. А. К. Лахин, быстро организовав оборону, под перекрестным огнем противника принял участие в отражении нападения. В ходе боя он был смертельно ранен.
В этот же день в другом районе Чеченской Республики старший оперуполномоченный майор Константин Михайлович Милованов, следуя в колонне, попал в засаду. В первые минуты боевого столкновения принял меры по отражению нападения боевиков. Геройски погиб.
7 мая 1996 года при проведении спецоперации в Грозном старший оперуполномоченный майор Владимир Леонидович Косолапов попал в устроенную боевиками засаду и геройски погиб в неравном бою.
В контрразведывательных операциях, проводившихся на Северном Кавказе, были задействованы наиболее подготовленные кадры руководящего и оперативного состава военной контрразведки.
Вот что докладывал об этом бывший в то время заместителем начальника Управления военной контрразведки — начальник оперативной группы УВКР ФСБ России в Северо-Кавказском регионе генерал-майор Ю. И. Яровенко: «Во всех Управлениях ФСБ России по округам и флотам создан резерв для прохождения службы в “горячих точках”. Все проходят специальное медицинское освидетельствование, в том числе психологическое, — это самое главное, потому что случайные люди сюда попасть не должны. Ведь здесь боевая работа, здесь находятся люди, которым доверено оружие. А чтобы доверять, сначала нужно научить человека, как следует пользоваться этим оружием. Поэтому все в этом деле поставлено на плановую основу, люди проходят подготовку на высочайшем профессиональном уровне…»