В апреле 1943 года полномочиями по ведению «контрразведывательной работы на стороне противника в целях выявления каналов проникновения его агентуры в части и учреждения Красной Армии» был наделен 4 отдел ГУКР «СМЕРШ» НКО СССР со штатной численностью в 25 человек.
Первым руководителем 4 отдела стал Петр Петрович Тимофеев.
С апреля 1919 года на службе в Особом отделе ВЧК. Служил в ОГПУ СССР на Украине, в НКГБ СССР, возглавляя 1 отдел 2 Управления, занимался борьбой с немецкой разведкой. Во время Великой Отечественной войны в ГУКР «СМЕРШ» НКО СССР. После войны — заместитель начальника 1 Главного управления МГБ СССР, генерал-лейтенант.
В феврале 1944 года его сменил генерал-лейтенант Георгий Валентинович Утехин. С 1922 года он служил в отряде частей особого назначения ГПУ в Туркестане. В мае 1934 года стал уполномоченным экономического отдела полномочного представительства ОГПУ Ленинградского военного округа. С началом Великой Отечественной войны — начальник особого отдела НКВД 23-й армии. В 1943–1946 годах — начальник 3, затем 4 отделов ГУКР «СМЕРШ» НКО СССР. В 1947–1951 годах — начальник 1 Управления МГБ СССР (внешняя контрразведка в советских учреждениях за границей). С апреля 1953 года проходил службу на различных руководящих должностях в органах государственной безопасности в центральном аппарате и в Челябинской области.
В декабре 1955 года был уволен в запас по состоянию здоровья. С января 1957 года работал заместителем директора по режиму и начальником спецотдела НИИ в Москве. В начале 1970-х перешел на работу начальником 1-го отдела Главного управления гидрометеорологической службы при Совете Министров СССР. Награжден двумя орденами Красного Знамени, орденом Кутузова II степени, двумя орденами Отечественной войны I степени.
Только с апреля 1943 по февраль 1944 года по заданию военных контрразведчиков в германские разведывательные органы и школы внедрились 75 агентов, причем 38 из них затем вернулись после выполнения задания.
Зафронтовые агенты представили сведения на 359 официальных сотрудников германской военной разведки и на 978 шпионов и диверсантов, подготовленных для переброски через линию фронта. 176 разведчиков противника после переброски их немцами на советскую сторону были арестованы органами «СМЕРШ».
Благодаря усилиям контрразведки и ее помощников 85 агентов немецких спецслужб после переброски явились с повинной, а пять завербованных официальных сотрудников германской разведки остались работать в своих разведподразделениях по заданию советской контрразведки.
Некоторым из агентов поручалось проникнуть в формирования «Русской освободительной армии» (РОА) Власова с целью их разложения. Под их влиянием из частей РОА и карательных отрядов перешли на советскую сторону 1202 человека.
В 1943–1944 годах ГУКР «СМЕРШ» и его фронтовые управления стали широко практиковать заброску в немецкий тыл агентурных групп, перед которыми ставились задачи сбора сведений о разведорганах и спецшколах противника, внедрения в них, а также захвата кадровых сотрудников, их агентов и нацистских пособников.
Бывший командир взвода младший лейтенант Красной Армии К. С. Богданов попал в плен в августе 1941 года. Был завербован германской военной разведкой, после чего прошел обучение в Смоленской диверсионной школе. Когда его перебросили с диверсионным заданием в советский тыл, он без колебаний явился с повинной в органы «СМЕРШ».
После перепроверки в июле 1943 года он был переправлен через линию фронта под легендой агента, «выполнившего» задание. К.С. Богданова гитлеровцы приняли с радостью и «за заслуги» назначили командиром взвода Смоленской диверсионной школы с присвоением звания лейтенанта германской армии.
За период пребывания в абверовской школе К. С. Богданов склонил к сотрудничеству с советской контрразведкой шесть агентов-диверсантов, которых готовили к переброске в тыл Красной Армии. Он поручил им после перехода линии фронта явиться в органы «СМЕРШ» с заранее обусловленным паролем.
В октябре 1943 года К. С. Богданов был назначен немцами командиром группы из 150 слушателей Смоленской диверсионной школы для проведения карательных мероприятий против партизан в районе Орши. Во время формирования отряда ему удалось убедить командира другой группы — Афанасьева — перейти вместе с курсантами его подразделения к партизанам. Во время нахождения отряда в Руднянском лесу К. С. Богданов и Афанасьев увели 88 человек из карательного отряда в деревню Сенную Витебской области, где смогли связаться с командованием 16-й Белорусской партизанской бригады. Весь личный состав отряда перешел на сторону партизан и в дальнейшем храбро сражался с немецкими оккупантами.